《进击的巨人2 世界终结》剧情紧接上集，描述因高大外墙遭到超大型巨人破坏，前往执行修复作战的艾伦一行人，陷入被残酷巨人无情袭击的险境。所幸有“人类最强男子”之称的调查兵团队长敷岛将他们从危机中解救出来，艾伦却为救出巨人口中的阿明反被巨人吞噬。就在众人绝望之际，艾伦突然变身巨人，开始反击其他巨人。究竟艾伦为何能变身？三笠又为何神秘出现？巨人从何而来？人类又为何而战？人类最终的逆击即将展开，连串惊人的谜团，也将首度揭晓！