秦时明月中有许多闻名天下的门派，这些门派在战国时代相互牵制，相互争斗，有的依附大秦帝国，有的与大秦帝国对立，在战国时代掀起巨大的斗争旋涡。
在战国时代却有着一些神秘而强大的组织，他们的名号在江湖中令人闻风丧胆，无不畏惧。也因为某些原因，使得他们从江湖上消失。
百鸟
姬无夜麾下的一个杀手团，隶属“夜幕”，其成员还有鹦歌（百鸟首领之一）、红鸮（百鸟首领之一）、墨鸦（百鸟首领之一）、白凤（墨鸦副手）和兀鹫。百鸟成员人数不多，但是个个都是江湖中的顶级杀手，后来因为姬无夜被杀死后也随之解散。墨鸦为救白凤而被姬无夜所杀，白凤则加入流沙团，成为流沙四大天王之首。
六剑奴
赵高领导的罗网中一个小组织，杀人无形，心狠手辣，单个实力相对较弱，六人合力足以和纵横双剑的盖聂和卫庄一战。六剑奴之所能够存在于战国时代的江湖上也有一个很大的原因，那就是单个不干架，干架不过就跑，遇到敌人落单就六人一起上。如果他们其中一个人敢去挑战卫庄和盖聂其中的一个，或者是其他门派的高手，那么下场只有一个，那就是死。
八玲珑
此杀手组织是大秦的一个强大杀手团，八人组成，老人、美女、小孩都有，是一个各年龄段最齐的一个杀手组织。八玲珑和六剑奴一样都是心狠手辣的杀手团，非常符合杀手这个称号。他们的实力虽然很强，行事风格狠辣，但是遇到当时刚组建的流沙团也是会被灭团。
流沙
流沙团是由卫庄、紫女、韩非和张良一起组建的组织，是最强的一个杀手团，涉及军事、江湖、政治、经济等领域，每个创始人的能力都很强。后来韩非离奇死后，紫女也不知所踪（卫庄暗示她已经死了），张良也脱离流沙，当时流沙的创始人只有卫庄一个人。
卫庄一个人把流沙打造成为战国时代最强的一个组织，不仅有另江湖闻风丧胆的四大天王，还有可怕而神秘的逆流沙。战国的许多门派都去流沙下单子，流沙接的单子都是足以影响整个江湖或者一个国家的单子，这种活也就只有流沙敢接。
