毛利小五郎自辞去警察的工作后的十年时间里，一直从事侦探的工作，本身从事过警察又干过侦探，在推理上自然是有一定水平的。在柯南来到毛利家后，随着案件增加，毛利小五郎也接触到更多的案件，虽然大部分是在柯南的“协助”下完成推理，但在数量众多的案件中，也会有毛利小五郎成功推理的场景。
我个人认为毛利小五郎完成推理的几个案件，最成功的一个案件应该是《看不见的嫌犯》，来分析这个案件成功在哪里。
首先是毛利小五郎独自完成推理，虽然当中有柯南在门外的提示，但并非非常关键的部分，比如煤油打火机里藏刀片的手法，毛利小五郎明确知道刀片就在里面，但是要怎么诱导面前的人做出完全不懂这种打火机的动作，这个就是柯南提示的。在整个案件中，毛利小五郎完全看透了这个案件手法，甚至早以猜测出凶手，并且能推理出连柯南都不知道的事，这完全是自身的经验和人生经历才能做到的。
从这一点看，毛利小五郎的推理是非常精彩的。
其次就是毛利小五郎选择推理的方式，不是像往常在众人面前推理，而是把不是凶手的人带到房间里单独推理，在案件推理的过程中，丝毫不给真凶一个镜头，这一点是《名侦探柯南》中很罕见的一幕。毛利小五郎这么做完全是为了劝说好友和真凶去自首，减轻罪孽。
光这一操作，毛利小五郎就比柯南强太多了，所以说这个案件是毛利小五郎最成功的推理，我认为是合理的，在其它案件中，毛利小五郎也有过高光的时刻，像动画原创的《汽车爆炸事件的真相》、剧场版《水平线上的阴谋》等，都有很出色的推理能力，但是在推理中顾及一个可以及时回头的犯人和从犯，《看不见的嫌犯》这个案件算是毛利小五郎最温柔的一面。
