黑暗组织的人把小哀带走
小哀手里掌握着APTX4869改良版制作的配方，所以黑暗组织一直没有放弃对小哀的追杀，柯南在知道了小哀的身份后，就让小哀住在阿笠博士的家里。
这一天阿笠博士和柯南元太一伙人都到外面的超市购物，柯南看出小哀的异样，但是小哀拒绝和大家一起去，原来是她已经感受到黑暗组织的伏特加和琴酒。
原来琴酒和伏特加早就盯上了小哀，只是在找合适的下手机会，伏特加把小哀打晕，和琴酒一起带着小哀离开了。
等到秀一把小哀失踪的消息告诉柯南，柯南赶回阿笠博士家，已经没有了小哀的踪迹，柯南知道小哀肯定是被黑暗组织的人带走了，但是他不能让身边人知道小哀的身份，所以只能和秀一统一口径，说小哀只是有事出去了。
小兰失踪
这边柯南正在紧张的想办法找到小哀，没想到小兰又不见了，柯南像往常一样回到侦探事务所，却找不到小兰姐姐，毛利小五郎这时候才开始着急，原来他以为小兰去了园子家。
一下子没了主意的小五郎，给妻子妃英理打电话告诉她小兰不见了的消息，这下柯南开始恐慌，黑暗组织抓小哀，是因为小哀手里有新药的配方，为什么还要抓走小兰呢？
思绪混乱的柯南来到阿笠博士的家里，把小兰不见的消息告诉了博士，博士把自己这几天查到的消息，和柯南一起分析，才发现黑暗组织的人已经发现了柯南的身份，知道他也是被组织下药身体才缩小的，看来事情远比柯南想象的要麻烦。
柯南身份被揭穿
柯南的好友秀一有一个很厉害的朋友水无玲奈，水无玲奈查到黑暗组织近年来一直在找的新型药，其实就是一种能控制人大脑的药，让吃了药的人完全听命于自己，只要这种药研制成功，黑暗组织就能统治日本。
没了主意的毛利小五郎和妃英理找到阿笠博士，希望能做些什么，看看能不能找到和小兰失踪有关的线索。
阿笠博士在万般无奈的情况下，把柯南就是工藤新一的事情告诉了毛利小五郎,因为他和工藤新一都已经感觉到，这次黑暗组织是要搞大事情，他们需要很多人的帮助。
毛利小五郎和妃英理听到这个消息，也没有表现出特别的惊讶，毛利小五郎本身就是侦探，对于柯南的身份不会一点也没有察觉，而妃英理有女人的直觉，很多时候看着柯南对小兰的照顾，她也隐约感觉到一些。
这个时候需要大家齐心协力的想办法去营救小哀和小兰，所以柯南的身份在这时候不是重点，阿笠博士也找来了工藤新一的父亲工藤优作，工藤优作和毛利小五郎，两个人似曾相识的神情。
原来他们很早就彼此认识，是同一所警校的校友，工藤优作一直关注着毛利小五郎的动向，一是因为柯南在毛利小五郎家里的原因，二是他也很喜欢小兰这个女孩子，知道新一和小兰彼此喜欢。
对于黑暗组织他也知道一些，共同的目标让两个人没有什么寒暄，直接进入正题交流彼此知道的线索，这下毛利小五郎才意识到问题的严重性，这个黑暗组织要是拿小兰的安危要挟新一，这两个人就都有生命危险，所以必须尽快找到小兰。
幕后黑手
这边柯南和秀一查到了琴酒离开时开的车子，顺藤摸瓜找到了黑暗组织的老巢，原来组织里的神秘大boss是宫本家的人，想要称霸整个日本，才想出建立组织制药，控制住人，然后为自己做事。
随后柯南把地址告诉了工藤优作，工藤优作和毛利小五郎他们一起救出了小哀和小兰。
但是幕后大boss逃跑了，事情似乎告一段落，似乎还有更大的阴谋，但是万幸人没有事。
结束语：本期内容就到这里啦，关于“《名侦探柯南》最后的结局，柯南身份暴露，还是小兰被抓走？”这个问题你们怎么看？到评论区留言和我交流吧。
