NTFS（New Technology File System）是Microsoft Windows NT的标准文件系统，它也同时应用于Windows 2000/XP/2003。它与旧的FAT文件系统的主要区别是NTFS支持元数据（metadata），并且可以利用先进的数据结构提供更好的性能、稳定性和磁盘的利用率。NTFS有三个版本：在NT 3.51和NT 4中的1.2版，Windows 2000中的3.0版和Windows XP中的3.1版。这些版本有时被提及为4.0版、5.0版和5.1版。更新的版本添加了额外的特性，比如Windows 2000引入了配额。在兼容性方面，Windows的95/98/98SE和Me版都不能识别NTFS文件系统。另外NTFS支持文件加密管理功能，可为用户提供更高层次的安全保证。
fat
我们以前用的DOS、Windows 95都使用FAT16文件系统，现在常用的Windows 98/2000/XP等系统均支持FAT16文件系统。但是它最大只可以管理大到2GB的分区。随着大容量硬盘的出现，从Windows 98开始，FAT32开始流行。它是FAT16的增强版本，可以支持大到2TB（2048GB)的分区。
FAT(File Allocation Table)是“文件分配表”的意思。对我们来说，它的意义在于对硬盘分区的管理。
FAT16：我们以前用的DOS、Windows 95都使用FAT16文件系统，现在常用的Win 98/2000/XP等系统均支持FAT16文件系统。它最大可以管理大到2GB的分区，但每个分区最多只能有65525个簇（簇是磁盘空间的配置单位）。随着硬盘或分区容量的增大，每个簇所占的空间将越来越大，从而导致硬盘空间的浪费。
FAT32：随着大容量硬盘的出现，从Windows 98开始，FAT32开始流行。它是FAT16的增强版本，可以支持大到2TB（2048G的分区。FAT32使用的簇比FAT16小，从而有效地节约了硬盘空间。

上面是网上查的资料，总的来说ntfs比较安全，而fat比较适合管理，比如在dos下格式化等，所以如果是计算机新手，还是建议用fat，就这样