沉寂四年之后，救世英雄再度出山。在黑暗统治的颓废社会里，弗里曼再次为了自由挺身而出，向以布林博士为代表的暴政提出挑战。游戏的风格承延前作，剧情紧凑，节奏明快，幽默的对白时常叫人忍俊不禁，巧妙的关卡设计使战斗过程充满新奇和挑战——几乎每关都会加入一些新鲜的道具和伙伴，如汽船、重力木仓、侦察车、信息素囊等。不同特性的敌人要利用对应的武器，战斗不仅要用木仓，还要用脑，在很多情况下可以节省弹药。比如对付动作敏捷的猎头蟹，最好使用撬棍；对付僵尸则最好是霰弹木仓；炮塔用重力木仓；狙击手用手榴弹；远方的敌人则要用弩弓来“料理”。战斗中还要时刻观察有无可利用的东西，如地上旋转的叶片、煤气罐，这些都是对付僵尸的利器，而散落的油桶也可引起连锁大爆炸，使附近大群怪物和敌人灰飞烟灭。游戏中还增加了谜题的份量，经常要利用重力、浮力等物理特性触发机关寻找出路，使冒险的过程轻松有趣，张驰有度。游戏不仅画面逼真细腻，声效也很具临场感，不足的是木仓械的模拟不够真实，几乎感觉不到后坐力，箱子等重物拿在手里也轻飘飘的毫无重感，但瑕不掩瑜，它仍不失为本年度FPS经典佳作。
第一章 进入地点
恍惚中我又看到了G-man那张如虚似幻的脸，呼唤着我继续战斗，因为我就是拯救世界文明的英雄——戈登·弗里曼……
醒来时火车已抵达17号城市，来到站台（1）感觉到紧张的气氛，护卫队员们戒备森严如临大敌，电视里布林博士仍在喋喋不休地粉饰太平。穿过候车室（2）到检票口（3），按照守卫的指示进入走廊，进入警卫室（4）遇到了黑山基地的巴尼，如今他已潜伏在护卫队里做卧底。巴尼与克莱纳博士通话后，外面响起敲门声，我连忙躲入储物间（5）。
爬梯子到二层平台，在地上找到几只木箱，将它们叠在一起跳到窗外。来到外面的天井（6）进入楼梯间，在二楼走廊遇到一名护卫队员（7），脸上挂着轻蔑的笑，把一只易拉罐丢到地上让我拾起来，现在还不能引起他们的怀疑和骚乱，我只有乖乖照做。前面又是一个检查站（8），移居的市民正在排队领取配给物品，随着人流穿出走廊来到城市街道上。由广场（9）沿街道往右走，前面是Y形叉路口，往右边避开侦察机的注意，跳上垃圾箱爬竖梯（10）到上面的平台，越过铁网跳到另一端。前面是T形路口，左边的胡同有护卫队员在盘查行人，还是走右边吧。拐过街道（11）看到两名居民在门前探头缩脑，街道的尽头站着两名护卫队员。往左进入居民楼（12），由楼梯上去看到走廊上护卫队员正在挨户搜查，进入房间听到居民们的抱怨声，穿出走廊由楼梯到三楼，跟随一名反抗队员进入房间，在他的掩护下穿出房间上到楼顶。往前出阁楼（13）沿斜坡上高层楼顶（14），左转沿楼顶的边沿走过去，沿着塔楼（15）的外围墙沿绕过去，跑到尽头找到窗口跳入房间（16），由地板上的楼梯跑下去，结果被堵截的护卫队袭击，天旋地转中听到一阵搏斗的声响……
醒来后看到一位清秀的女子，她名叫爱莉克斯，她的父亲伊莱博士曾是我在黑山研究所的同事，不过我对她似乎没什么印象。跟着她进入电梯，不久我们来到了克莱纳博士的研究室。
第二章 “好日子”
克莱纳博士正在埋头寻找他的宠物，接着他打算利用刚研制完成的时空转输机将我送到伊莱博士那里。不久巴尼也赶来了，他在里间找到了克莱纳的宠物拉玛，原来这只所谓的“猫”是猎头蟹改造的调皮家伙，没有一点温顺的样子。穿上防护衣跑到屋角用能量插座补充能量，随后克莱纳打开传输机实验室的大门，走到右边的插座旁待命。爱莉克斯在传输机里准备传送，帮她将掉落的插头插好，然后扳动右边的开关，爱莉克斯顺利地传送到了伊莱的实验室。然而我在传送时被拉玛搞坏了仪器，结果几度被送到错误的空间，看到咆哮的鱼龙、办公室里的布林、焦灼等待的爱莉克斯等，最后回到了联合军护卫队控制的区域，我要靠自己沿着河道前往伊莱博士那里。
开始时位于电厂的平台（1）上，跳落地面进入围栏找到楼梯（2）上去，穿出铁门来到胡同，这时巴尼出现在屋顶（3），丢给我一根撬棍后离去。拿起撬棍打碎栅栏（4），下楼梯穿出走廊来到火车站的天桥。由断裂的天桥跳到地面，往左跳上第一辆列车的车厢（5），打碎木箱穿出去。这时有一辆火车呼啸而来，快速跑到车厢间隙（6）躲避，跳上第三辆列车的车厢（7），由竖梯爬到车厢顶部，跳到第四辆车厢上，纵身跃过铁网离开火车站。
第三章 运河航道
沿着幽暗的走廊下阶梯，前方看到两名护卫队员在袭击一对夫妇（1）。我用撬棍将护卫队员杀死拿到手木仓，沿楼梯（2）上去杀掉一名敌人，右转又是一段楼梯（3），杀掉护卫队员来到天台，穿出铁丝网可看到下面的铁轨，站到铁梯的缓步台（4）上，跳到车厢顶部再跳到对面的平台（5），这时身后会有五名追兵，用手木仓射杀后跳回去搜集子弹。用撬棍破坏屋门的木板，在废屋里射爆一架侦察机，穿出去到院落（6），这时平台（7）上出现三名敌兵，引爆油桶炸死他们。然后往左绕过去找到一处弯曲破损的铁丝网（8），跳过去会受到来自对面平台（9）敌人的袭击，射杀五六名敌人后进入胡同，在标志有“入”的地方找到一条通道（10），钻进去来到铁网另一边，对面又有一处敌人的伏击点（11），跑到通道尽头由铁网的缺口跳到铁路轨道（12）上。躲开呼啸飞驰的列车，沿通道前行右转看到敌人将油桶推了下来，迅速后退避开，透过玻璃窗射杀值班室（13）里的两名敌人。进屋看到铁路对面跳下来几名护卫队员，杀掉后沿通道往前走找到楼梯，上去过天桥横越铁轨，这时铁路（14）上出现两名追兵，射杀他们后用撬棍打碎木箱进入对面的楼梯间（15）。下楼梯来到平台，跳到铁路通道里射杀三名守候的护卫队员（16），在右侧（17）找到弹药和电池等补给。往右跳入河道游到尽头，在一辆废车厢的左侧找到竖梯爬上去，由天窗跳入车厢里找到接应的反抗军（18），一名弗地岗人为防护服补充能量。
穿出车厢沿河道继续前行，用撬棍破除几道木板和横栅栏，在前面看到桥顶吸附的藤壶怪，垂下来的绳状舌头待物而噬。对付它的方法很简单，在附近拾取杂物（如箱子、易拉罐、石头等）扔过去，怪物会将它们吸起吞噬，趁机穿行过去。从瓦砾堆里爬出去，看到右侧管道（19）里的反抗军被护卫队击毙，往右转射杀河道里的护卫队员和上方机木仓手，在旁边的墙壁找到管道入口，由此进入反抗军避居所。拾取补给后由竖梯爬上去控制机木仓（20），这时敌人开始发动攻袭，护卫队员蜂拥而至，空中还有侦察机飞来扫射，用重机木仓将敌人全歼后结束战斗。
沿右侧的平台走过去，射爆支架（21）上的油桶，它会将支架的铁板炸掉，落下来铺通前方平台，跑到尽头跳下去，沿着堆满水泥管的河道走过去，注意避开头顶的藤壶怪，这里共有三个。穿出去是一个方形的蓄水区（22），往左钻进水泥管道，跳入蓄水池（23）。这时从天窗掉落几只油桶，在护卫队员的射击下发生连锁爆炸，将水道的铁栅炸开。在水中射杀天窗上的敌人，穿出管道来到河道的另一侧（24），射杀远处平台（25）的几名木仓手，往前接近阻截河道的桥梁（26），上面出现四名木仓手，引爆下面的一堆油桶将桥炸毁，河道的障碍清除掉了。穿过桥柱杀掉两侧跳下来的木仓手，看到前面的两个桥洞被垃圾阻塞了。爬上土堆钻进狭窄的洞口，里面的通道（27）内密布藤壶怪，将油桶和轮胎等杂物丢下去，吸引它们吸噬，趁机穿行过去。由通道跳到河水中，敌人不断往下面投掷油桶，引爆，躲到水中射爆桥梁（28）上的油桶将敌人炸掉。由竖梯攀上平台跳到桥梁另一边，游到尽头爬上木台，连续几次跳跃到达另一侧的木台上，钻过水管到达里面的房间（29），在地上的水管上搭着一块木板，俨然是一块翘板，在房间搜集地上的铁块，将它们置于翘板的一端，差不多八块就够了，使翘起的一端朝向一旁的平台，跳上翘板迅速跑过去跃上平台。穿出隧道来到外面的河道，空中有一架猎捕直升机在盘旋，快速往左转，踏着浅浅的水湾找到阶梯。上平台打开铁门进入弯曲的梯道（30），在通道右侧有竖梯（31），爬下去拿到急救包和弹药。前行进入排水渠通道，在水渠（32）里有几具浮尸，在附近找到几个急救包。沿通道走到水渠出口（33、34）看到很多藤壶怪，将地上的轮胎和铁桶沿斜坡扔下去，趁它们的长须升起时跑下去。推门来到外面的河道平台，往左转疾速跑动，避免被空中的猎捕直升机射伤，拐入河道尽头的洞口（35），进去后收集一些补给，往前进入地下通道迷宫。用撬棍打碎箱子和木栅，打开通道，在一个房间（36）里遇到一名接应的反抗队员。打开门后飞进来三只飞锯，用手木仓将它们摧毁，在离开这里前收集一下装备，由竖梯上去找到弹药和电池。离开房间沿通道走会听到飞锯的声音，隔着铁栅门（37）将里面的三只飞锯射爆，继续前行还有两只，引爆油桶炸掉它们。在迷宫末端的房间（38）拿取弹药和急救包，离开迷宫进入前面的水渠区域。沿水渠前行，在右侧移开铁桶找到一条暗道（39），在里面拿到补给品。往前来到有水池的房间（40），正中是旋转的十字轮，潜入水底在左侧墙里找到一条水道，游进去在中途找到竖直的水道（41）游上去换气，然后游到尽头浮出水面跳入通道（42）。
进入蒸气管道区域，往左转到尽头（43）射杀两名护卫队员，抢到冲锋木仓和弹药，跳上管道，沿隧道一直走到末端，注意途中要避开不时喷射的蒸气，还有头顶的藤壶怪，用木仓射杀再闪过去。转角处的尸体旁有弹药和急救包，走到管道末端在右侧用撬棍打开栅门（44）跳下去，在角落找到一条暗道钻进去，潜入水中游到水轮房间的铁栅另一侧（45），由竖梯爬上去射杀背对的一名敌人，这时前面卡车上有油桶滚落，迅速潜入水中等爆炸结束再出来。由竖梯爬上去，沿河道右转，在右侧墙壁找到通道，走进去消灭三只飞锯（46），继续走到一个幽暗的房间，打开手电筒在墙壁上找到排风通道入口，钻进去跳入一间放满油桶的仓库（48）。这间仓库的下方是个水池，水池上方有一根水管通往相邻的房间（49）。先爬竖梯跳到空中的管道上，往左走，爬到尽头跳落到平台上，来到隔壁管道纵横的房间（50），由管道跳到下方两根白色的水管上面，沿着它走到主管道的排水阀门前，转动阀门将水池中的水位提升，回到仓库（48）跳入水中潜下去，游过水管到达房间（50）。手中换上撬棍潜入水底，破坏几道木板条会有两只木辊浮出水面，爬上木辊跳到对面的平台。沿走廊出去后面前是一条水沟（51），爬竖梯跳到旁边的石沿上，沿木板走到对面跳落到水沟里，游过水沟攀上平台进入通道（52），打碎木箱消灭空中的飞锯，在右侧找到一座圆塔（53），由竖梯爬上去沿着木板搭成的栈桥顺时针绕过去，走到尽头跳落地面，穿出通道是水渠（54），跳下去沿木板跑到左边平台，跳上管道走到右边平台拿补给。由水渠下面的通道钻进去与反抗军（55）会面，通讯机里传来了爱莉克斯的声音，叫他们为我前往黑山基地东区提供必要的帮助。
从箱子里拿到弹药，往前进入杂乱的院落（56），这里会有运载猎头蟹的炮弹坠落，将猎头蟹杀掉后穿出去看到污水河流（57），踏上去会减生命值。由木板过去杀掉僵尸和猎头蟹，进入院落，避开空中摆动的电线踏木板过河，尽头的集装箱上带电，小心穿过铁箱不要触碰铁壁。来到院落（58）又有炮弹落地，杀掉猎头蟹后踏木板进入建筑，在平台（59）上找到接应的反抗军，她为我准备好了一艘汽船，于是开始了紧张的水上冒险。
在河流中冒险时要注意，受污染的水源（褐黄色）是不能沾染的。由开始的水道（60）开动汽船，遇到第一道闸门（61）时跳下汽船，跑到平台上转动阀门将闸门升起来。
