藤野严九郎生于日本福井县，世代为医，藤野严九郎是藤野家第六代医生。他生于1874年7月1日，9岁时父亲亡故，由大哥二哥抚养。严九郎排行老三。他在读小学时，同时跟酒井藩校教师野坂先生学习过汉学。1892年4月，从福井学校中途退学，进入爱知医学校，1896年10月毕业，留校作解剖学教师奈良坂的助手。1897年5月，得到医生开业证明书。同年7月后，在东京帝国大学医学院学习解剖学一年。1901年10月，藤野应聘到仙台医专任解剖学讲师，其时藤野刚刚满27岁。他和敷波重次郎教授担任一年级的解剖学理论，他还担任二年级的解剖实习和局部解剖学。一年级的专业课只有解剖学，一年级的正副班主任大体上照例由敷波和藤野担任。班主任管理的范围很广，据当时仙台医专规定，诸如学生的学习态度、学生的管理教导、出席情况、考试成绩的统计以及教室的整理和保管，都由正副班主任负责。