过云坊」副本 当玩家们来到龙陵，在河边会遇到两位商人不停地在相互抱怨，详细了解之下才知道这对孪生兄弟都是商人，名叫阿金与阿银。两人共同的爱好是赌博，并且嗜赌如命，热衷于发展赌博事业，兄弟俩还各自开了一条赌船。
阿金阿银兄弟饱读四书五经，所以他们的赌船也颇为诗意画意，阿金的赌船叫作「过云坊」，阿银的赌船叫作「千云横霄艨」。但是，如今两条赌船都被海盗和怪物打劫了，需要得到玩家们的帮助，为他们赶走怪物，夺回赌船，帮阿金阿银实现畅游天下，豪赌一生的梦想。
「过云坊」副本一共有12关，每一关玩家都必须和守关人「魔灵」掷骰子比大小，如果玩家的点数高于守关人的点数，就会得到增益buff效果并有一定机率可以直接过关。但如果运气不好，则会受到随机减益的debuff效果。当然，这个副本可不是只有掷骰子，要不然就会叫做小游戏了。在和守关人赌博的过程中，会不断的有怪物和海盗来骚扰玩家，怪物会攻击玩家，海盗还会偷取玩家的金钱。玩家们必须克服这一切，专心赌博，一边当大侠一边当赌神，才能顺利过关。
通过前面11关后，在第12关玩家们会遇到最终BOSS「双六骰魔」，不但赌技强，战斗力更是十分恐怖，还拥有三个强大的手下金骰、白骰、黑骰帮助。「双六骰魔」看似几乎不可战胜，但其实只要玩家使用全新战术，就会取得意想不到的效果...成功通过「过云坊」副本后可以得到副本图鉴和装备，并能挑战难度更高的「千云横霄艨」，集齐副本图鉴后就可以兑换稀有的饰品奖励。
「古之巴国」副本
这个副本是属于益智型副本，当玩家进入副本后，必须要杀死12个巴之子，才能解开BOSS大蛇 「巴」的封印。但是大蛇「巴」具备免伤害护盾，刀木仓不入，玩家根本无法对抗。这时玩家必须在九宫格上运用智慧解开谜题，踩下全部机关，才可以去除「巴」的护盾。如此一来，才有可能击杀这只凶猛的BOSS。官方表示，这类型的副本机关重重，只有智慧和实力并重的团队才能过关。
更多副本特点
除了上述两个比较少见的副本类型外，《仙剑Online》的副本中还拥有一种特殊的物品叫做「图鉴碎片」，碎片散落在副本中，只要打怪怪物就有机会掉落。集齐9张碎片就可以拼成一张完整的图鉴，可以拿来兑换「神秘道具」。
此外，如果玩家无意中拾获了一把小木剑，可别因为觉得没什么用就拿去卖掉，因为这把不起眼的小木剑，其实是开启另一个特殊剧情的钥匙，可以让玩家回到16年前，和李逍遥一起扭转乾坤，搭救灵儿。
不仅小木剑，如果玩家找到天蛇杖，也可以选择亲手送给李忆如来开启一个史诗级任务，或是交给魔尊之子来换取魔界令牌，堕落成魔。一切，皆看玩家自己怎么选择。
