《音速战机3》是系列里唯一一部有隐藏角色的作品。它有十架可选机体和两架隐藏机体，共12名角色。
一个隐藏角色是Red Rabbit Kotomi，她来自于Video System公司的另一个著名的横版射击游戏《Rabio Lepus》,
这个角色的座机是一只红色的兔子；
而另一个隐藏角色是Diabloom,同样的也是来自于Video System公司的一个著名的纵版射击游戏《Turbo Force》，他所驾驶的则是一辆机车。