《Fate/新章》的舞台是酷似原作中穂群原学园的月海原学园，主人公所扮演的是一名普通的在校学生。虽然故事开头的气氛给人的感觉好像是原作中熟悉的光景，但是随着故事的进行就将慢慢的进入完全不同的《Fate/新章》的新故事中，在这里，将要开始新的“圣杯战争”。
新圣杯战争
得到“它”的人将可以实现任何愿望，这就是传说中的“圣杯”。但是，能得到圣杯的人只有一个，所谓的“圣杯战争”也就是追求圣杯的人互相厮杀争夺，直到最后一人……我们的主人公作为这其中的一分子，也投入了这场残酷的战争当中。
128人的零和游戏
过去的(原作的)圣杯战争，仅仅是由继承了魔术师之血的7人参加，但是在本作中的2030年代旧魔术遗失，魔术师的传统也已变得细碎散乱。于是在这个时代里，参加圣杯战争的人变成了与生俱来就拥有魔术回路，能够让魂灵子化的128名魔术师。
