序章
一位传说中的英雄，曾阻止了一场核战争、毁掉了恐怖武器Shagohod。之后，由于打败了The Boss,被美国总统授予了Big Boss的称号。他就是Naked Snake。
原属FOX小队的Snake在那次Snake Eater行动后就退了休，虽然他仍然还年轻。
1970年的一天，Snake到外面刚刚享受了一顿美餐，在回到郊外家里的路上突然碰到了一队全副武装的小队。虽然Snake手无寸铁，但依靠他纯熟的CQC，立刻摆平了他们。在Snake没反映过来发生了什么的时候，一个穿着特异——像个忍者的人出现在Snake面前。他拔出了他的刀，向Snake猛然刺来……
http://img521.imageshack.us/img521/2225/38479868jm5.png“赶快把他送上飞机！准备咱们的医生给他注射麻醉药！可别让他死了。”
Snake慢慢失去了意识……
一．
“啊！”昏迷了不知多久的Snake被恶梦惊醒，他看了看周围，发现他竟然被关进了一个监狱。作为一个士兵，他立刻开始观察周围情况，考虑脱狱方法。正在这时，门外传来了奇怪的脚步声。监狱门外出现了一个身材魁梧的大个子。
“时间真准，正好是我们打完药后12个小时……我相信你做的梦很美，Big Boss ?”
“你在说些什么？”
“请认真点，我可对你了如指掌，Boss。也许我该叫你Naked Snake.”
“看来你没抓错人。你是谁？”
“我是Cunningham中尉，4周前，我还是CIA的人。”
“Cunningham？FOX小队审讯专家？”
“啊，这么说你听过我的名字。我很荣幸”
Snake这时也注意到了Cunningham腿上的假肢。
“那些袭击了我的人，也是FOX的？”
“对。但是我们先把那件事放一放。”
Cunningham终于把话转到了正题：“6年前的那个任务，在那里你看到了什么？你在Gronznyj Grad里看到了什么？”
Snake立刻记起了那次记忆犹新的任务：Shagohod、EVA、Volgin，还有The Boss……
“遗产在哪里？”Cunningham问道。Snake立刻反应到那带有巨额财产全部资料的胶片“你是说哲学家的遗产？”
“没错，就是二战中3大力量集起的秘密资金，它在哪里！？”
Snake立刻对他说遗产在CIA手里，却没想到Cunningham抡起审讯电棒向Snake头上砸来，然后又用假肢底下的棱角撵在了Snake的肚子上：“CIA在Snake Eater任务后只从苏联那边拿到了一半的遗产，而你知道另一半在哪里！”
Snake也感到奇怪“CIA只拿到了一半？我一直以为CIA拿走了全部遗产。”
Cunningham再次用点棍抡向Snake：“没关系……我们有的是时间。早晚你会说出来的。”
“等一下！这不是官方任务对吧！Zero少校呢？告诉我实情,Cunningham。”
“从现在开始，这已经是FOX的官方任务了。”
Cunningham笑着离开了。
一会儿，Cunningham走远了，Snake听到了一个声音。
“你是Snake？”
“你是谁？”
“我也是刚被抓来的。”
“你是美国人。一个美国人怎么会被关到这里？”
“说来话长。看到你的床底下有个通风口么，把盖子打开你就能跑出来了。”
“你怎么知道的？”
“因为我以前被关在那屋，发现了它但又没跑出去，现在他们就把我挪到这里了。如果你跑出来，请你帮我个忙。”
“帮忙？”
“没关系，你也会得到回馈的。”
“交易呀。那我就开始了。”
Snake果真打开了通风口并钻了出来。出现在眼前的竟然是FOX最新的潜入装和一把MK22麻醉木仓。Snake当然不客气地收下了。
出来后的Snake到了刚才和他对话的那个人面前。由于Snake早已名扬内外，所以他早知道Big Boss这个响亮的名字。他告诉Snake这里是在南美的San Hieronymo半岛，当地人称“死亡半岛”，在古巴正南方，是苏联红军的控制区域。在古巴导弹危机期间苏联在这里建立了一个秘密导弹基地。但由于SALT（限制战略武器会谈/协议），这座发射井停了工。由于基地完成度已经很高，所以美国派了绿色贝蕾帽——也就是他的小队来这里调查。但是FOX小队洗劫了他们，使得他成为唯一幸存者。
他希望Snake能够到通讯基地和美国联系来救援：“希望寄托在你身上了，Big Boss。”“叫我Snake。”“我很荣幸，Snake，我叫Campbell , Roy Campbell。”
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离开了监狱的Snake拿出了他的潜入本领，轻松地躲避了敌人的眼线到达了附近的通讯基地。Snake利用那里的通讯设备设法与美国取得了联系。回复他的正是通过无线电曾救过他多次的Para-Medic。Para-Medic告诉Snake Zeor少校被国防部逮捕了，原因就是这次FOX偷走了CIA的一个机密武器并发动了叛变。国防部还认为Snake是这次叛变的主使，所以要证明自己清白必须抓住这次叛变真正的黑手。Para-Medic说Sigint会帮助Snake。
根据Para-Medic提供的电台号码Snake找到了Sigint，他告诉Snake了一些详细内容，其中最重要的一点是叛军打算建立一个新的军事国家，他们还吞并了当地的苏联红军。所以想独自抓住敌人头目基本不可能。Sigint说Snake可以和派来的贝蕾帽幸存者合作。而敌人可以吞并当地武装力量，为什么Snake不行呢？所以劝说敌人加入也是一条路。但是由于国防部认为Snake是主使，所以派来增援协助是不可能的。
Snake只好忿忿回到Campbell那里。而在路上，他又发现了监狱的钥匙盘，这样他就能救Campbell出来了。
回到Campbell那里，Snake和他讲了情况，并劝说腿被打伤又发着烧的Campbell开车，给了他一个在联络基地里找到的微型电台——就是在Snake Eater行动中用的那种。
Snake和Campbell一致决定要先收集情报，由于Campbell的小队作过战前简报，所以他对这里比较熟悉——至少不会迷路，他决定先到敌人较多的前哨站收集情报。
Campbell驾车带着Snake来到了前哨站。在那里，Snake听到了FOX偷来的机密武器可以发射核弹头毁灭一切在苏联的主要城市，而当地的苏联红军也并不完全信服这回来的FOX小队。
Snake最后在前哨站的办公桌上取得了敌人的机密资料，并带回了Campbell的卡车。
在秘密文件内，Campbell发现了叛军正打算使用那台新式武器，文件里甚至列出了发射计划，一旦发射一定会引起全球恐慌，所以Snake一定要设法阻止。文件里还写出了敌人指挥官的名字：Gene，那么他就是主要目标。
Campbell同时发现苏联红军军心比较涣散，所以也提出了抓捕他们然后劝降的提议，Snake决定一试。
Snake选择了布兵较少的监狱附近寻找单独行动的士兵来抓捕。眼前手持AK-47的士兵就是Snake第一个盯上的猎物。Snake潜行到他背后，以迅雷不及掩耳之势擒住并打晕了他，拖回了卡车。这名士兵的名字叫Jonathan。
[URL="http://img526.imageshack.us/img526/5537/jonathanih2.png"] 很快，Jonathan醒来了：“你！”
他立刻把拳头挥向Snake。
“你醒来得很快呀。”
Jonathan又去抢Campbell的木仓指向Snake，可又一次被Snake制服：“思考也很灵敏，他们对你的训练一定很严格。你是个好士兵。”
“你是谁？”
“叫我Snake吧。”
“Snake？是个代号？你一定是站在美国人那边的，你是FOX小队的？”
“我不站在美国人或FOX那边，我只是个士兵。”
“只是个士兵？那为什么你们在这里？”
Campbell向他简单介绍了情况，但他并不认为Snake能打败Gene。他说他们加入叛军不是因为Gene，是他们的祖国先背叛了他们。这座基地被停工后他们就收在这里，不断与那边的哥伦比亚政府战斗。而他们的祖国却以完全抛弃他们作为回馈。他认为Gene能给他们带来正义，会给他们建立一个士兵的国家。
Snake对Jonathan说的“正义”却不以为然：“正义……正义的意义天天都在改变，一个专业战士决不会把正义带上战场。唯一需要理由战斗的人是为生存战斗的人，这是我的导师告诉我的，政治是无常的，他们随时间改变，所以对于我们效忠国家的士兵来说是不用再相信别的东西的。她死于忠诚——不是为正义，不是为国家，是为她自己，她的任务。”
“你的导师，她教给你了战斗的艺术，她是谁？”
“他们叫她The Boss……是我杀了她。”
“The Boss…传说中的士兵？那，Snake……你一定是Big Boss,你是在Groznyj Grad里杀了Volgin上校的英雄！”
“证明作为一个士兵的忠诚。那是The Boss告诉我的，但我还不知道是什么意思……”
就这样，Johnathan跟随了Snake二人。他和Snake握了手：“我会跟随你的。Snake,给我任务吧！”
二．
就这样，又一个同伴入伙了。用这种方法，Snake已经组建出一支像样的战斗小队了。
正当Snake布置下一步该如何行动时，Jonathan报告说Campbell生病了，像是种疟疾，而大家又不是医生，无法确定，所以 Snake决定找Para-Medic帮忙。与Para-Medic通讯后得知由于疟疾是寄生虫病，每个地区的寄生虫免疫不一样，需要专门的药。所以Snake必须到当地医院寻找这种专门的药。
Jonathan向Snake汇报说他知道附近有个医院，Snake决定前去一看。
到达了医院后，Snake彻底搜查了一切药品储藏室，但都没找到。无奈之下他来到了医院所长室，搜查了桌上的文件后发现药品转到了研究所。正当Snake想怎么去研究所时，天上一架直升飞机引起了Snake的注意。驾驶直升机的是Cunningham：“那些脱狱的藏到那里去了？还没被抓到？如果他们跑了我保证让你后悔！够了！把Python叫回来，他会带领搜查队。保证研究所安全！马上我们就到。”
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站在Cunningham背后的一个长发女兵从直升机向下俯视，眼睛只盯在Snake所在的房间。Snake赶快躲在了墙后面：“到底怎么回事！”
回到Campbell的卡车上，Snake马上开车跟随直升机，果然来到了研究所。在寻找疟疾药的时候遇到了刚降落的直升机上的人们。Snake听到了一个科学家和Cunningham在说些什么在调试仓里调试“完美战士”的。后面跟着的就是刚才的那个女人和一个军官。他们似乎都闭着眼睛……
[URL="http://img208.imageshack.us/img208/3166/67389138mt2.png"] 那个长发女人和军官慢慢停住了脚步，长发女人对军官说：“指挥官……”
“恩，我知道了。Cunningham，别动……”
“什么？”
“啊！~~~~~~~~~~~~~~~~”随着惨叫声，附近的一段正在建造的一个建筑的钢筋架轰然倒塌，一根钢筋正正好砸在Cunningham面前。
“指挥官！中尉！您们没事吧！”
“我们很好。”
“请原谅我，指挥官。您受伤了吗？”
“没事的，命运是不会让我受伤的……”
原来他就是FOX的指挥官，也是这次叛乱的首领Gene，他继续说话，声音竟然越来越大，还出现了奇怪的回声。Snake惊讶道：“他就是Gene……他的声音…和预知未来的能力…是ESP（超感知觉）么……？”
这时Campbell通过微型电台与Snake取得了联系：“还没找到药吗？那他们在哪里……对了！刚才Cunningham不是说了什么调试仓什么的吗。没准他们把药放那里了。赶快去看看！”
于是Snake一路到达了存放调试仓的房间。他看到了调试仓里的东西：“是他……”
一个穿着白大褂的长发女人进来了：“那是谁？难道你看不到贴的标语‘闲人免进’吗？”她看了看Snake，“你……”
“一个孩子？你在这里干什么？”
“我是负责的！”
“你？负责？”
突然门外传来巡逻兵声音。她赶快对Snake说：“这里，Snake，进到那个衣柜里。”
很快巡逻兵进了屋：“Elisa小姐！你一个人么？这里有没有什么异常情况？”
“没有呀。有什么事吗？”
“我们收到了有入侵者的报告，还有人报告了附近有辆可疑的卡车。”
“但是这里没人，就我，和他（指调试仓里的“完美战士”）。你们只是打扰他睡觉，我不得不请你们离开。”
“是的，小姐。如果你看到入侵者，请立刻告知我们。”
巡逻兵离开了。Snake从衣柜里出来与Elisa谈了起来。由于Snake认为她是之前看到的和Gene在一起的长发女兵所以还闹了点笑话。Elisa告诉Snake那个人是她的孪生姐姐（妹妹？）Ursula，是FOX的一员。她们在东德的实验室长大，当时大部分有ESP的孩子都被送去研究。Elisa的力量很弱，但Ursula不一样，她是全世界最强的超能力者之一。通过特殊的渠道Ursula取得了超强的力量，但是她也变得不象人类。这个调试仓里就是“完美战士”，也就是那个忍者。他在每次任务后都封住全部五感，删除多余记忆，只剩下战斗的技巧。他能以最快的速度读出对手的想法。由于除了他没人成功成为完美战士，所以他得到代号“Null”。Elisa给了Snake疟疾药并让他去码头，说那里有他想要的……
回到了卡车的Snake给了Campbell药并每人都分了一些。由于不知道码头的位置，在Jonathan的提议下Snake设置了间谍组。在间谍组的帮助下Snake很快找到了到达码头的地图。而要到达码头必须通过铁桥，而铁桥又被设为了个检查站，布满敌兵。这时Snake必须先去探明那里部署有多少敌人。
到达了铁桥后的Snake真是傻了眼——铁桥完全被卡车挡住，硬冲是绝无可能的。所以只能智取。
回到卡车后，久经沙场的Snake想到了吸引敌人注意力的方法。很快，许多地方都被Snake的士兵们放好了TNT。“轰~~~~~~~”敌人很快从铁桥抽走了兵力去支援，Snake等人顺利趁此机会溜了过去，到达了码头。
Snake便开始搜寻Elisa让他找的什么。当搜到船舱底时，听到了两个人在争吵。其中一名是俄国军官，另一名是Snake的老战友Python，但是他仍然活着着实是Snake没想到的。
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在两人的争吵中，Snake得知了那个俄国军官是Skowronski上校，这座基地的前指挥官。眼见口舌之争占下风的Skowronski端起AK向Python扫去，但子弹都被Python冰冻了。Python把Skowronski关在了个笼子里，就离开了。Snake出来，和这个快疯了的指挥官说了两句，原来他以前是个飞行员，刚说到飞机，他就开始大笑说要把Gene打成筛子。Snake实在没时间和这个准疯子磨蹭，帮他打开了锁也离开了。
他继续搜查，终于发现了存放机密武器的集装箱，上面写的“MADE IN USA”。但里面的武器已经不在了。里面只剩下一些无坐力炮弹药，剩下的一个M1919桶和厚达5英寸的防弹装甲。Campbell和Snake分析认为更像是一个装甲车。
正当Snake要回卡车的时候，一个自称Ghost的人给Snake呼来了信号。他告诉了Snake关于这个新式武器的详细信息，是像Shangohod的一种核搭载步行战车，也就是以前Granin说的Metal Gear。它是用导弹将它发射出去，在高空向下发射核弹头。连政府都干预了这件事，派来了一些官方高层来这里。但是如果Snake能阻止敌人给Metal Gear 装载弹头，它就是个框架，就无法发射核弹了。所以Snake的下一个目标就是这座半岛上的核弹储存库。
靠着间谍小组，Snake很快找到了核弹储存库。很明显，直接往弹头上按个TNT是很不明智的举动，所以现在要做的是阻止敌人运输他们。根据Campbell的分析，这么大的弹头在地下基地一定需要电梯运送，所以炸毁控制电梯的机械室是首选。
Snake立刻潜入到了机械室并安装了TNT。
跑远了的 Snake迫不及待地按下了起爆按钮……但是炸弹没有反映：并没有爆炸。
“你应该小心点，Snake。这座仓库的内墙不象它们看得那么结实。如果你起爆了那个炸弹，爆炸波会过于强大，会切断你自己的逃离路线。你过于关注完成你的任务而不管你自己的安全。麻烦的小毛病不好改，是么，Snake?”
来的正是Python
“Python……你拆除了炸弹？但你没那么多时间呀。”
“时间？我有的是。我要做的只是冻住起爆器，然后‘噗’……就不会爆炸了。这里真的很热……”
“Python……这么说你一直活者。你的身体怎么了？”
“的确很久了，Snake。咱们一起执行的最后一次任务在什么时候？大概10年前了吧？那会我们都还很年轻。”
“对。The Boss不在的时候我真不知道我该做什么，你就救了我，你是很少几个我在战斗中能相信的人之一。但是你应该死了，你在你在在越南的那次机密任务中受了重伤！”
“没错。那时侯我离死神的距离只差几英寸了。我的身体失去了控制温度的机能，如果不治，体温就会不断升高——无法控制！当时我的身体都快被自己点着了。如果不是这件充有液态氮的特殊服装我连半天都或不了。但是这件服装同时使我变成了一个优秀的战士！”
Python周围的空气都被他冻住了：“看！看我能控制的这个级别！就连你著名的CQC对我也不会起作用。”
[URL="http://img518.imageshack.us/img518/1599/pythonqh5.png"]“但是Python，为什么？你是个好人，为什么加入Gene的叛变？”
“是我的超度，Snake。你知道为什么CIA让我活这么长时间吗？他们是怕你…Snake。你是传说，一个英雄，你比The Boss还强！CIA是知道的，如果你背叛他们他们就找一个足够强的人来干掉你。他们选择了我。我是Anti-Snake (Anti：反对，对抗)，而我是个能毁掉你的人！自从我回到FOX，他们一直派我做没什么用的事以保持我的杀手本能健全。你能唤回你杀死的人么，Snake？！我能！我天天做恶梦梦到他们！他们不让我自己清静！但是我做了这么多事来改正！今天恶梦就结束了！”
“Python,不要！”
“我一直在等这一刻，我们能在战场上会面，作为敌人！Snake，我杀了你我的目标就实现了！开始吧！”
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这样，两人开始了激烈的战斗。虽然Python能释放冷气，还带有大火力的冲锋木仓，但仍敌不过我们的Big Boss。——Snake仅用麻醉木仓MK22就打败了他。Python倒在地上，衣服中的液态氮开始从身体中流出……
“很惊人，Snake。我现在知道为什么CIA那么怕你了……我现在永远也不能享受另一种生活了。看起来我还是得到了超度！”
“够了，Python，不要再说话了。”
Snake突然蹲下，用手捂住了Python正在泄漏液态氮的衣服，冰冷的氮在Snake的手臂上结成坚硬的冰块。
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“你在干什么！Snake！”
“我在阻止液态氮从你的衣服里流出来。”
“停下来，Snake!，你不成的。你的胳膊会……”
“还是以前的Python嘛，事情一变糟糕他就急躁地不行。”
“什么？”
“上次打扑克你还欠我钱呢！所以你还不能死！”
“哈哈！我来了，继续和你在一起。”
得了救的Python对Snake说出了他加入Gene的原因，又告诉了他要为自己的人付出，取得他们的信任和爱戴，这样才能够打败Gene。
Snake搀着Python，回到了Campbell的卡车上。
三．
由于Pythone的出现，敌人已经将弹头运走了，所以要再想阻止发射只能是毁掉Metal Gear本身。根据 Campbell的分析，Metal Gear将会是一个更大的目标，也会有更多的人知道它在哪里，所以得到Metal Gear 的位置信息就是下一步要做的。当时Ghost提到的官方要员一定知道它的位置。政府要员应该在机场休息，所以根据间谍组的情报，一定要赶快到达机场。
到达机场后，Snake放倒了门卫后悄然无声地潜伏到了那位格外显眼的西装政客背后，拔出小刀逼供。他说出了弹头被送到了峡谷东面的发射井了，说明Metal Gear很有可能在那里。
处理掉这个政府要员后，Snake就向发射井进发了。
发射井的守卫的确很严密，到处都布有FOX的精兵。Snake好不容易要进入地下建筑群了，但面前的路被一队士兵阻挡了：“发现入侵者，释放完美战士，代号：[Null]，把他释放出来。”
士兵间一个包裹着的“布袋”打开了，从中跳出的正是之前的那个忍者Null。Snake镇定地向他开木仓，但全被他用他的砍刀弹走了。他纵身一越用刀一砍，要不是Snake反应速度极快，平常人的头已经是两半了。
[URL="http://img518.imageshack.us/img518/7194/nullpp6.png"] Snake和Null僵持了几局，Snake好像认出了Null的真实身份，似乎曾在莫桑比克曾经见过他。但Snake还未占得上风，旁边一队由Cunningham带领的士兵就包围了Snake，Cunningham上前打晕了他，带回了基地……
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慢慢地，Snake苏醒了过来。他听到了Cunningham和Gene的对话，谈到了Cunningham打算利用新的药物使Snake吐出遗产的所在。但Gene说他想先和Snake谈一谈。
拥有ESP个Gene自然早就知道Snake早已醒来。他告诉了原来偷Metal Gear原本是CIA安排的，偷走后假装让FOX叛变到苏联，使苏联拥有Metal Gear，来均衡军事力量，使得冷战继续。而Gene看出来了CIA的阴谋，于是叛变了美国打算自建国家。他要建立新的世界力量，领导战士们战斗。最后，他告诉Snake他是美国“继承者计划”的产物，是被培养成最强的战斗指挥官的人选，他迷一般带有魔力的的声音就是继承者计划授予他的。另一个继承者计划的产物就是The Boss。他是按照The Boss的资料被“制造”出来的，所以他的能力非比寻常。
[URL="http://img521.imageshack.us/img521/8348/snakegenekn1.png"] 在Gene离开后Snake又开始想起了脱狱的对策……
另一方面，Campbell这里派了全部兵力开始大规模搜索Snake的下落，最终在敌人军官口中得知Snake被关在接待楼。而到达接待楼的地图又刚刚被间谍组发现。于是Campbell带领几个士兵到达了待客楼。
这时，在在待客楼里，Elisa来到了Snake的监狱里，借给Snake送饭为借口支走了卫兵。
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她用心灵感应告诉了Snake Gene已经命令敌人开始装载核弹了，并告诉他Metal Gear在工厂里，让Snake毁掉它。
[URL="http://img91.imageshack.us/img91/9199/elisazx8.png"] 过了一会……
Gene（电话）:“是我。我猜到是你了……对，与苏联政府的谈判很成功，他们不会干预这里的事了。我必须感谢你的帮助，当他们看到Metal Gear的弹道资料他们也知道这不是虚张声势。CIA现在一定处于恐怖状态……你的计划？……那告诉我，你自己是不可能那到那些资料的是吧？一定有人帮你。是谁？……算了，我猜到他是谁了。和Null有同样代号的人……但是你意识到了你背叛了你的雇主对吧？……你到底担心什么？你不是在利用我吧……无所谓，我们会再见面的，在一个新世界里，在一个我的一个作品里。到那时侯，我的朋友……Ocelot。”（挂断）
突然两个士兵突然闯进了房间：“抱歉，Sir，但是完美战士，他，他……啊！”
Null瞬间干掉了这两个士兵，Gene感到惊讶：“这是什么意思？”
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“我必须完成我的任务！”
“冷静，Null。”
“还不行！他还活着，我还没完成我的任务！”
“你是说Snake？他被捕了，你的任务完成了，冷静下来。”
“不！你为什么死不了呢，Snake！？”
Null举起刀向旁边的Snake砍去，周围的士兵一拥而上想阻止他，但都被他砍成了两半。一直没有出声的Ｕrsula使用了超能力打算停止Null，但被Gene拦下了。Null反而来砍Gene，但Gene却以不可相信的速度躲开了攻击，并再次令人惊讶地疾速并精准地飞了四把小刀出去，分别插在了Null的双手和双膝上，并以气功一样的力量把Null打倒在地，同时又使用那种超能的声音喊道：“你会遵从我的命令的，完美战士。我是你的指挥官！”然后恢复了平静：“把他带到调试仓…… Null的记忆在任务后会完全清除，但你却被他记住了……Snake……”
[URL="http://img206.imageshack.us/img206/5362/nullgeneth0.png"] Campbell已经派了穿着敌人制服的战友在待客楼旁，趁卫兵换岗时溜了进去很快就把Snake救了出来。在士兵的带领下，他们走了一条警备较松的路。
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但是，路走平坦的反倒速则不达：Cunningham驾驶着一台圆筒飞行器出现在了大家眼前——他的目的还是遗产，他说国防部已经告诉他Snake拿走了ＫＧＢ的另一半。但Snake可是真的不知道。残忍的Cunningham开始打Snake的士兵，从而逼Snake说出来。
突然Elisa驾车向Cunningham撞去，Snake让受了伤的士兵上了车，自己才冒着背后的木仓林弹雨上了车。这样，大家又逃过一劫。
在去工厂的路上，Elisa对Snake说出了她帮助Snake的真正原因：她希望Snake毁坏Metal Gear,阻止核战争。因为她的父母死于核爆炸，她和Ursula也受到了核辐射，无法生育。同时他也希望Snake当一个好父亲：“我想某天你能当一个伟大的父亲……”
“Elisa，抱歉……但是我也是不能当父亲的……”
说着，他们就到达了工厂。他们决定直接向Metal Gear上安装炸弹。Elisa告诉Snake，她预见到了Snake成功阻止了Metal Gear，而Ursula预见到了Snake把世界带入恐惧之中，这是她们姐妹俩有生以来头一次预见到的事情不一样，但是Elisa仍然相信Snake。
在穿过了守卫并不象想像中那么严密的过道后，他们很容易找到了巨大的存放Metal Gear仓库。
[URL="http://img91.imageshack.us/img91/5763/metalgearvf5.png"] “这个就是Metal Gear……”
“好，咱们赶快装这些炸弹吧。”
突然，外面飞来了直升机，放下了许多士兵，Gene也在其中：“Snake，你这回逃不掉了！”
“Gene！”
就在这时，Snake等人身后那巨大的Metal Gear也启动了，Snake惊讶道：“Metal Gear !”
“但是是谁呢？”
Metal Gear把它的大口径机炮对准了下面的人群，便开始轰鸣。超大的威力把底下除了Ｇene的大部分敌人全部打成了筛子。驾驶Metal Gear的正是Skowronski：“没打中！但是威力真的很强不是吧！有这个武器就没人敢流放我了！你们这些叛徒，看着我修理这个蛊惑人心的家伙！滚出去！你们这些入侵者，这座基地是我的！”
“是他……”
“你是说Skowronski上校？”
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但是刚才还呼啸的机炮突然间没声了，Skowronski急道：“可恶！怎么不动了！”
Snake借此机会绕过场地，突然间出现在了Gene的身后，举起木仓对着他：“不许动，Gene。真是个令人扫兴的结局，这就是你的王牌？叫你的人放下武器。”
Gene笑诡异地笑了笑，说“王牌？你给我生的枝节还真不错……连我都没看到Skowronski潜进来。作为我对你的赞扬，请允许我与你分享我真正的王牌。”
“什么？”
“醒来吧，Ursula！”
站在旁边的Elisa突然颤抖了起来，周围的空气都露出了异样的状况。Elisa抱住了头，好像自言自语地说：“不要，Ursula……Snake，快打死我！”
“Elisa？你在说什么！？”
“快点Snake！你必须在Ursula醒来前打死我！快点！要不然，我会…我会……啊～～～～～～”
周围的空气好像暴了炸，Ursula也完全从Elisa身体中醒来：“我会杀掉你，Snake……在你诞下你受诅咒的幼蛇前杀掉你！”
突然Snake被一股神秘的力量弹开，惊讶道：“心灵遥感！”站在旁边的Gene自然开始解释起来：“Ursula和Elisa原本是同一个人格。但是在人工增加她的精神力量时，她们分成了两个。通过牺牲Elisa的精神，Ursula得到了更强大的力量。这台Metal Gear也许只是个还未完成的原型机，但是亲爱的Ursula完全会填补它的不足。”
Metal Gear开始颤抖，把Skoronski甩出了仓门，并像一只猛兽一样叫了起来。Snake再次惊讶地喊道：“它怎么做出这样的举动呢，看起来它一点都不像是台机器！”
Ursula通过超能力缓慢地飞进了机舱，人与机器的战斗拉开了帷幕。
[URL="http://img209.imageshack.us/img209/2203/snap013tn4.png"] 与Shagohod战斗过的Snake深知这玩意的装甲有多么厚，虽然在旁边有一个ＲＰＧ火箭发射器，但硬拼仍不是办法，所以要找到它的弱点。这台Metal Gear是飞行版，想要落地就必须通过起落架。起落架又只是几根铁管连接的，所以Snake认为先轰掉起落架使它不能降落是最先值得一试的方法。Snake有效地找到了掩体并躲开了Metal Gear的机木仓和飞弹，并伺机攻击起落架。
有人会怀疑Snake的能力么？很快，４个起落架全部被打坏。原本以为胜利在望的Snake突然发现Metal Gear 竟然照样降落，并趴在了地上，将原本冲天的飞弹发射口全部直接对准了Snake。但聪明的Snake再次找到了它的弱点：就是发射口里面。于是几发RPG便引爆了Metal Gear里的全部飞弹，Metal Gear开始猛烈爆炸。
只听里面的Ursula／Elisa惨叫。
Snake大喊：“Elisa，快跑出来！”
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但是Metal Gear随着一个更猛烈的爆炸完全被毁灭了，Snake失望地嘀咕：“Elisa……抱歉……。”
旁边的敌人卫兵看到了Metal Gear被毁，扔下了武器，绝望至极：“他毁掉了Metal Gear……Metal Gear，是我们挤汗流血的结晶！全完了，我们的国家再也建不起来了……”
此时Gene 反倒很高兴似的：“太棒了！也只有你能毁掉Ursula操纵的RAXA了！我现在明白为什么Ocelot看中了你。”
“GRU的Ocelot少校？他和这件事有什么关系？”
“哈哈……我喜欢你，Snake,，你是个能令人神魂颠倒的人。”
“够了！都结束了，Gene。我毁了你的Ｍetal Gear，你再也不能以核打击威胁世界了。放弃吧，你完蛋了。”
“你毁了我的Metal Gear？怎么了Snake,我不明白你什么意思。”
“什么”
Snake的无线电突然响了起来，是以前和Snake联络过的的Ghost。
“Ghost！现在不是时间！”
“Snake！还没完呢，那个不是用来发射的Metal Gear，是Metal Gear RAXA，是用来做战斗评估的，只是一个测试机！”
“测试机？”
原本在无线电里Ghost的声音真正地出现在了Snake的身旁，Snake定睛一看，竟然是研制了Shagohod的科学家Sokolov。
“Sokolov！你还活着。这么说你就是Ghost。你设计了Shagohod，所以你自然知道Granin的Metal Gear……这就是原因！”
Gene也开始说话了：“啊，这么说是你在提供给Snake信息，Sokolov。我怀疑过一切我身边的人，但我从没想到你会背叛我。”
“对，你的确把我从苏联的集中营救了出来，因为你我和我的家庭团圆了……至少有一段时间，我一直很感激你的。但是往苏联发射Metal Gear—我实在做不到。我只是不能忍受我自己的作品反倒用来对抗祖国。”
“所以你就勾结了Snake ?Sokolov，你设计了世界第一辆核搭载坦克，你是个导弹学家。你叛变到了美国并开始了Metal Gear的研究。你肯定知道有一天它会是用来对抗苏联的。”
Sokolov无话可说。正当这时，天上几架直升飞机拉着一台巨大的机器——Metal Gear。
Snake问Gene：“这个是真的Metal Gear？”
“没错！RAXA是个诱饵。Ursula从你手里抢来了不少时间。”
Gene想离开这里，毫不防备地背冲Snake：“如果你想就开木仓吧。但是先想想：你现在值得扣扳机吗？你继承了Boss的称号，但是你从来没有停止幻想你想看到的未来！”
“什么？”
Gene站到了一个高点的台子上，对底下的士兵们大声地用他那回声能力喊道：“士兵们，听我说！冷战马上就会结束，美国和苏联也不会有他们以前的权利和威信来控制世界。在美国陷入了越南战争的泥潭时，她西方的同伴已经在快速增长经济。而在倒塌了的经济计划面前，苏联也已无法已金融来支持她巨大的军队。但是冷战的结束不代表和平就会跟随。世界大国的土地将会自由，爱国主义将会迅速窜进世界政治。富有和贫穷的差距很快扇起国家间的憎恨，于是核武器就会从大国的手中溜走，散布到全世界。很快，没人会知道什么时候或是什么地方会遭到核打击。今天的同伴没准明天就是敌人！或者严重点，那时侯同一个国家的兄弟会与同胞互相杀戮——就象你们现在一样！你们谁敢保证明天你就不会把木仓口对准你的邻居？你的战友？？你的家人？”
“停下来！Gene！”Snake喊道。
“难道没人怨恨、反抗你吗？没人蔑视你吗？没人真正需要你？难道就真的没人是要杀你的？我的一个亲信就在你们身边，他的任务是杀了你们，因为你们的背叛。”
“他在撒谎！别听他的！”Snake赶忙说。
士兵们都惊慌地说：“他要杀我们！他要杀我们！”
“镇定点！别想他！”
Gene继续说：“你们的敌人就站在你们身旁。是你吗？还是你？这座工厂就象个大炸弹，想一想一个核弹头爆炸就能让你们上天……或者说，仅用一发子弹就可以？就是他！是敌人！”
他随手往人群里扔出了一把刀，令精神近崩溃的士兵们开始自相残杀——他们都认为自己旁边的“战友”是敌人。
Snake喊：“停下来,Gene！”
“如果你想让他们停下来，为什么不自己去呢？Metal Gear已经准备完毕了，我也不需要这个工厂了。”
“那你就杀你的人？”
“我不用杀任何人，他们可是在替我做。人类是脆弱的、愚蠢的、暴力的生物。你自己看看吧，看看人类到底是什么样的！”
旁边的Jonathan突然挡在了Snake面前，用自己的身体挡住了旁边迸来的子弹……
[URL="http://img209.imageshack.us/img209/8238/snap038vi9.png"] 得意的Gene上了旁边来接他的直升机，Snake抱着Jonathan的尸体不由得仰天长啸……
四．
由于Gene设下的诱饵，Metal Gear已经被转送到了发射井准备发射。现在唯一能做的就是进入发射井，阻止Metal Gear的发射。根据间谍组的报告，通向地下发射控制室的路线必须经过以前与Null交战的入口，进入建筑群，最后通过运输电梯到达控制室。然而入口通向建筑群的门已经完全封闭了，不可能进入。但是间谍组也认为它是由电力控制的，一旦停电，它就能打开了。所以就要破坏基地的供电设施。
再一次，在我们间谍的搜查下，Snake携带定时炸弹到达了发电厂准备安装炸弹，留足够时间，回到发射井并趁停电进入建筑群。
很快，Snake找到了控制基地电源的电路板并安装了定时炸弹。再向回走的路上，Snake再次遇到了Null。Null也不断地在搜寻Snake，他杀掉了所有敌兵警卫，终于找到了Snake：“我找到你了……告诉我，你为什么还活着？我经常做梦，梦到我的战友，他们以强壮的力量与嘲笑的眼光来救我。当我醒来，我什么都没了，没有高兴，没有哀伤，没有憎恨，没有记忆。当我从黑暗中醒来，我杀的人都躺在我面前，我的记忆中只充满了死尸。我知道……所有人都会死。犯罪，疾病，事故，战争……无论你人有多好，无论你是多高贵的战士，都不会例外，就算我不杀他们，他们也会死。这个世界充满了死亡。但是你死不了，为什么？为什么你活着？你想通过活着完成什么事呢？”说着说着突然一刀向Snake砍去。
Snake躲开，镇定地说：“我知道你的名字。”
“名字……”
“4年前，在莫桑比克，有一个游击队的少年战士在自由冲突中仅以一把小刀杀死了一群政府军，他直率清白的身份杀死他们，然后已冷酷猎人的身份为他们祈祷。他说一点德语，所以敌人管他叫Frank Jeager，直率的猎人。”
“Frank Jeager……我的名字……”
“不要这样，强壮的力量，同伴会在其它地方帮助你的。”
“不，我是完美战士，我存在的地方就不用有其余士兵，所以我不需要名字。我就是Null。你死了，我就可以继续做Null了！”
两人再次打了起来。由于Null杀光了敌兵，在没有别人干扰的情况下，Snake最后占得了上风，趁Null换子弹的时候用CQC抢走了他的武器和刀，并给予Null的头一重击。这一击好像令他想起了全部往事，突然间跪在了地上：“我想起来了，Big Boss。那时侯就是你停住了我。我被抚养成人来成为战争的道具，但是你打败了我，照顾了我。”
“抱歉。但我想你在医疗研究所会很安全，但我没想到他们把你做成这样……一定是哲学家干的！”
“没事的，Big Boss，你老是救我，你会帮助我填补空白的。”
“咱们走吧，该炸掉这里了。”
于是他们一起回到了Campbell的卡车，向发射井进发。
很快，他们在炸弹爆炸前到达了发射井。Snake成功地在炸弹爆炸时潜入了建筑群。在通过FOX小队士兵的严密守卫后，Snake到达了通向控制室的运输电梯。
正当电梯平稳向上行驶时，一个圆筒状飞行器出现在了Snake的面前，驾驶员当然还是Cunningham：“恭喜你成功了,Snake。说句实在话，我都有点惊讶。你做的比我想的要多得多。他是对的。”
“他？”
“这也无所谓了。你已经没理由继续忘前走了，你的任务结束了,Snake？”
“任务？你在胡诌什么Cunningham？”
Cunningham大笑，说：“好吧，Snake，我给你解释。我不听Gene的话。”
“什么？”
“CIA也许控制FOX，但我也不听他们的。我的雇主是美国国防部。”
“你什么意思？”
“你看到的一切事——你一定知道CIA和五角大楼关系一直不好把？”
“你是说超支战斗？”
“不，不是那个。1961年的Bay of Pigs入侵北越南的秘密行动——CIA在军事上的影响力日渐增加。国防部开始觉得受威胁了。然后他们就发现了Metal Gear的计划，他们命令FOX小队指挥官Gene在CIA把Metal Gear送给苏联前偷走它。你想，如果原本跟苏联说的是送给他们而实际变成了发射给他们，什么事会发生？CIA就会丢脸，他们的军事影响力也就会立刻下降。”
“你们要让Gene发射核弹来达到目的？你们疯了？你们会引起核战争的！”
“又错了，Snake。Gene只是叛变者而已。而这座基地是俄国人建的，Metal Gear的原设计和它带的弹头都是俄国的。你会责备华盛顿那边吗？而且这里也不会留下任何证据的。”
Cunningham从飞行器里拿出了一个十分眼熟的武器。
“Davy Crockett！？”
“没错，微型核弹头。但这个是苏制的。Gene一旦发射了Metal Gear，我就毁了这座基地，一根草也不会剩下的。”
“那这座基地里的其他士兵呢？”
“那些苏联红军的叛军吗？关你什么事呀，他们可是咱们的敌人！哈哈。但是你不一样，Snake，你很好地完成了你的任务。你做了国防部和他为你安排的一切事。”
“安排的？”
“你知道为什么你被带到这里的真正原因吗？因为我们知道你会打乱Gene的计划。我们需要个人潜进敌人的领地，把叛军收到他的那一边，逼Gene不得不发射Metal Gear。唯一的人选就是你，传说中的英雄，Big Boss。当然了，你做得非常好。我们仍需要Gene发射Metal Gear，那是国防部的计划，我们不能让你把那个也阻止了。在基地的顶部有一个停机坪，去坐直升机吧。一旦Gene按计划发射了Metal Gear，我们就把你带回美国。当这里被我炸成灰，你又会成为英雄了。虽然不是CIA来祝贺你，但我知道你没问题的。”
Snake竟然瞄准了Cunningham，Cunningham也很吃惊：“你在干什么，Snake？你还被对CIA的忠诚所蒙蔽吗？CIA在我们在FOX里时对我们做了什么？他们送我们去做最危险的任务，当我的腿节肢了，他们就送我干文书工作。他们对你做了同样的事。他们让你的导师，我们特种部队的母亲到异乡然后让她死在了那里！”
Snake仍然无动于衷。
“别告诉我你是为了这里的俄国士兵。可怜的傻瓜。快去停机坪吧，我不会让你再往前走的，往回走吧！”
Snake想到了Jonathan,Roy Campbell和Elisa，更是下定了决心：“我不能让你们使用Metal Gear。我做这个是忠诚我自己，我不会让我的后半生像The Boss一样！”
“就按你的意思吧！现在你是个真正的叛徒了。”
于是Cunningham飞行器上的重火力武器便都开始瞄准Snake。Snake为了摧毁Metal Gear带的RPG提前派上了用场。虽说飞行器坚固，但始终只是一层厚铁皮。Cunningham的飞行器不一会儿就开始了爆炸：“为什么，Snake？如果你就回家到美国，你我都能得到一个士兵能得到的最高荣耀！但现在，看看你干了什么！•但是我不会自己死的，我也要把你拉上！”
Cunningham举起了Davy Crockett，Snake惊呼：“Cunningham，不要！”
Cunningham疯狂地笑了起来。但正当他要按下扳机的一瞬间，他的飞行器爆炸了，Davy Crockett掉到了Snake面前……
最终章
打败了Cunningham的Snake终于到达了控制室。Gene正站在控制器前，身旁都是死了的工程师。
“他们是Metal Gear的工程师！你杀了他们！”
“不。他们自己杀了自己。他们都对他们犯的罪恶感到绝望，然后决定去死。”
“罪恶？你是说这间事的真相是国防部的阴谋？”
“阴谋？我知道了。Cunningham一定已经被你打成粉碎了。可怜的傻瓜，他死也没意识到他只是个傀儡而已。”
“你不是傀儡吗，Gene？国防部是用你来摆脱掉CIA。”
“错。我一开始就知道一切。国防部的计划，比如Cunningham会背叛我……一切。我只是借此来完成我真正的计划。”
“真正的计划？”
“我不会把Metal Gear发射到苏联的。”
“什么？”
“国防部一定准备了Cunningham没有成功毁去证据，所以他们也许现在就在和苏联红军谈判。就算我把Metal Gear发射到苏联，也不会挑起战争。”
“如果苏联不是目标？那……哪里是呢？”
“美国的弗吉尼亚，在Langley的CIA总部和五角大楼，哲学家的两座巢穴将会被湮灭。”
“你要向美国发动核打击？但你要是做了……”
“混沌将在史无前例的等级中诞生，最差的设想：美国不在作为国家存在，现有的世界秩序破裂。苏联也不会逃脱责任，Metal Gear是从苏联发射井发射的。在国际批判下，华沙条约甚至会倾斜到第三世界，甚至会面临与北约的武装冲突。”
“为什么？你为什么要这么做？”
“从而将世界从哲学家的控制下解脱。我要创造一个新的世界力量的天平。我的目标是建立一个只是有最强潜力士兵的佣兵的国家。但是这座半岛不是它的归属。我们的国家将会像影子一样，没有外表或形态。我们将潜伏在黑暗中，干预全世界的冲突。历史将由我们改写。我要通过对士兵们的培养来不权哲学家无法填补的的空洞。这个组织将会是真正的“死亡半岛”，我叫它‘Army’s Heaven’（军事天堂）。”
“Army’s Heaven……”
“我不会让世界成为不实际的国家兴趣或是政治诡计的场地，我要用优秀的军事力量来达到优秀的军事意志。这样，世界就能再次统一。我，作为继承者，这就是我的天职。”
“你只是个独裁者而已！”
“什么？”
“你用恐惧逼你的士兵上前线，你用言语来欺骗你的同伴。你利用那些把你看作是导师的人然后就把他们扔到一边！你建的国家不是士兵的天堂，他们想要的是在你“天堂”的境外。”
“睁大你的眼睛，Snake，这是我们的天职，，是我们伟大计划的一部分。与这个天职相比，独立的士兵的独立意愿是没用的。那些没天职的人必须归属那些有天职的。他们必须遵从天职的教导。
“难道你在说你自己？”
“是我的天职。我还会把它赠给别人他们不多的能量要贡献给更高一层的信仰。他们必须放弃他们无无关紧要的生命和可怜的满足！他们必须牺牲他们全部的精力，把弱小的生命灌注到里面……就像The Boss做的一样。”
“你太自私了,Gene！你不配提到The Boss。”
“这么说，你真的一点不知道。6年前，在Snake Eater行动中，Volgin向Sokolov的研究所发射了一颗美制核弹。这导致了计划的改变，美国政府不得不暗杀他们自己的特工The Boss，从而证明清白，而你就就是那个杀手,Snake。你真的认为Volgin是根据自己意愿制造了那个恐怖的罪恶事件吗？”
“什么？”
“那都是一开始的设计。Volgin发射核弹，The Boss的死，就连你在Groznyj Grad的任务都是为你的国家和一个阴险的策略工作。”
“你说这全是设计好的？是谁设计的？”
“The Boss放弃了她的生命，就算是别人安排的。她为自己的天职牺牲了生命，是一个崇高的举动。”
“回答我！是谁设计的？！”
“你不需要知道答案。Snake，你只是需要一个天职。你的国家救不了你。你的导师不行，你所谓的朋友也不行。加入我吧，Jack。我会赋予你天职。”
“我会自己去找！你和你虚构的梦想可以去死了！”
“你毕竟是个士兵，看来我们永远无法谈到一起了。好吧，聊天的时间结束了！”说着，Gene便走到了红按钮前。Snake举起木仓对Gene说：“停！”
“太晚了！Metal Gear的发射准备已经全部完成。”说着，他已经按下了按钮。
但是整个操纵台突然开始爆炸，Gene赶忙躲避：“搞什么！是谁！Ursula！”
Ursula出现在了隔壁房间，破窗而入，Gene生气地说：“赶快从我的眼前消失,Ursula！”
“核武器绝对不能使用，它们是恐怖的武器。一切都会死掉。人类……动物……树木……地球。就连今天他们还饱受痛苦。我知道他们的痛苦，他们在哭泣，他们的怨恨。”
Snake发觉了事实：“Ursula？还是 Elisa？”
Gene向Ursula/Elisa飞出了飞刀，但是她用超能力弹走了。Gene冷静地说：“你看穿了我的思想,Ursula。我让我的精神防御认为你已经死了，但是没用。你能看穿我的思想，但是你仍然无法控制我的身体！”Gene再次以极快的速度移动到了她面前，并把一把小刀刺如她的胸膛。
“我只能用另一种方法发射了。”
“Gene，停下来……”
但是Gene还是走了。Snake把Elisa/Ursula抱在怀里，她说：“Snake，他们已经设定好了Metal Gear的弹道。隔壁有一间备用发射室，Gene要用它，阻止他。”
“我会的。别说话。”
“没事，我很好……Snake，哦，Snake……”
她通过心灵感应向Snake传送了一些图像，如Solid、Liquid、Solidus、Metal Gear REX等。
“一切都清晰了。我们看到的未来是一样的。Snake，你会毁掉Metal Gear，然后你会造一个新的Metal Gear……你的孩子……Les Enfants Terribles……你的儿子会将世界领入毁灭……你的儿子……会拯救……世界……”
“你想说什么,Elisa？Elisa！！”
Elisa/Ursula死了，但Snake还要去阻止Gene。在奔到备用发射室后，发现已经晚了，“结束了，Snake。Metal Gear已经进入了发射状态。弹道计算和目标锁定已经设定好了，没人阻止的了了，就算你打败我。但是我知道不打一场你是不会让我走的。我也有和你打的理由：证明我到底是谁。咱们来看看谁是真正的继承者吧，Snake，咱们来结束这一切吧！”Gene叫嚣着。
这样，使用飞刀的Gene与Snake的战斗一触即发。Snake用木仓扫射都能被他奇妙地躲开，一不小心就被他砍到。他的声音也是十分恐怖的招数。这使Snake跟不无法伤到Gene。当然，寻找弱点就是最重要的了。Snake立刻发现，他使用快速移动并向Snake撞来后都会停下来喘气，在这时打他是最好的选择。找到Gene弱点的Snake很快打败了他。
“不敢相信……继承者计划的产物，被你这样一个有血有肉的人打败。看起来你才识The Boss的继承者。关于战士基因的故事，这么说也许是真的了。你是真正的继承者！”
“我不知道你在胡诌什么，Gene。我怎么才能停住Metal Gear？”
“别烦心了……一旦发射倒数开始了，就绝无法停下了。快走吧，Snake，然后拿着这个。”
Gene给了Snake一个胶片。
“这是什么？”
“我在建立Army’s Heaven时候筹备的装备、人员和资金资料。所有资料都在里面了，没别人知道。”
“为什么你给我这个？”
“因为咱们是一样的。某天，你会因为有它而庆幸。战斗并活下来的，必须继承遗产，这是我们的命运。走吧，Snake，我把该说的都说了。你是继承我基因的人，你是真正的继承者！对自己忠诚，向前走，并找到你的天职……”
Gene死掉了。
Snake立刻联络Sokolov，询问停止发射的方法。Sokolov说是无法用任何操纵来停止的，只能毁掉弹头，但这样整个发射井就会爆炸。但Snake管不了这么多了，他赶快跑到以飞弹形态出现的Metal Gear面前举起RPG狂轰，但没用。
这时，Snake的同伴们用手木仓、冲锋木仓、手榴弹等武器攻击Metal Gear。原来是Snake的诚意感动了他们，不管死活也要毁掉Metal Gear。
但是，倒数最终还是到了0：00，Metal Gear从发射井飞入了太空……
在分离仓脱离后，它进入了大气层，并准备向下发动核打击。但是由于刚才Snake等人的猛烈攻击，对于这么一个精密仪器来说，就算一个螺丝松动也足以让它坠毁。Metal Gear最终解体并掉进了大海。
Snake再次拯救了世界。
回到美国的 Snake由于端掉了FOX叛军，所以再次受到Zero少校等人的迎接，并授予了建立FOXHOUND的权力。Campbell等人在治疗后同样安全到了家。
尾声
就在Metal Gear刚刚发射后，CIA地下隐藏基地，准备躲避Metal Gear核打击的DCI正随保镖逃跑。这时，一个年轻的小伙拦住了他们，他就是Ocelot。在与DCI说了几句后，得知他带有哲学家的全部资料后，Ocelot用他早已熟练到炉火纯青的左轮毙掉了DCI的保镖。
“你在干些什么！你不会是要背叛哲学家吧？”
“背叛？不，我不是要背叛他们，我要终结他们！这样我们就能拿回你从我们手里偷走的，我们会延续真正爱国者的精神。”
“真正的爱国者？”
“我们全部的计划就是使她所预见到的世界成为现实。所以，我来拿另一半的…遗产！”
砰…………
