Episode 1
Memory in Death
教学任务，病毒扩散的第18天。
Unexpected Family
病毒扩散首日。有人在Penn Station释放不明病毒。 Alex Mercer的尸体在解剖台上苏醒，对所发生的事情没有任何记忆。吞噬Blackwatch追兵后，Alex Mercer记起自己有个妹妹，Dana Mercer。
Episode 2
Past and Present
Alex Mercer试图回自宅寻找线索，向事件的原凶进行复仇，却正中Blackwatch的埋伏。
Behind the Glass
Dana从Alex的电脑中找到Elizabeth Greene这个名字。 Alex进入Gentek设施后导致Elizabeth Greene脱逃，造成曼哈顿区第二波病毒感染。
Episode 3
The Wheels of Chance
Alex Mercer寻求前女友暨Gentek员工，Karen Parker的协助。
A New Order
Karen Parker发现感染源来自两支不同的病毒株。
Episode 4
Open Conspiracy
核能空母USS Reagan抵达哈德逊湾（Hudson Bay），Blackwatch提高动员层级。
In the Web
Blackwatch在市区内大规模部署病毒侦测装置。 Gentek主席Raymond McMullen提供Blackwatch可消灭Alex Mercer体内病毒的病原体。
The Altered World
Alex Mercer扰乱病毒侦测装置，意图接近McMullen，结局以失败收场。
Errand Boy
Karen Parker背叛Alex Mercer。 Alex Mercer被Blackwatch的队长Robert Cross注入病原体，丧失部分能力。
Episode 5
Under the Knife
病原体开始寄生并侵蚀Alex Mercer。 Alex前往圣保罗医院，找上同为前Gentek员工的Ragland医生，请求他的协助。
The Stolen Body
Alex Mercer与Ragland医生渗透进军事基地，调查Penn Station病毒感染者的遗体。
Biological Imperative
利用Hunter作为培养体，Ragland医生成功制造出对抗病原体的抗体。 Alex Mercer恢复原先的能力。
Episode 6
The Door in the Wall
Dana被不明Hunter绑走。曼哈顿感染程度持续上升。
First and Last Things
Alex Mercer制服Leader Hunter。
The First Monster
Alex Mercer吞噬Leader Hunter，进一步找出绑架Dana的变种hunter，将其吞吃后获知Dana的所在。
Making the Future
利用军方的火力，Alex Mercer进入核心巢穴寻找Dana。
Children of Blacklight
核心巢穴的中心，是Blacklight病毒的核心带原者Elizabeth Greene。 Alex Mercer将病原体注入Greene，却被Greene排出体外，并形成Supreme Hunter。 Alex Mercer成功救出Dana，但她陷入昏迷。
Episode 7
Men Like Gods
一名身分不明的人士向Alex Mercer透露病毒的起源。同时，军方从空中散布病毒抗体Bloodtox，并导入使用病毒技术的超级士兵。
Dream of Armageddon
军方进一步在地面部属Bloodtox散布装置。出于自保，Alex Mercer企图颠覆Bloodtox的散布行动。
A World Set Free
军方打算利用特殊帮浦将Bloodtox打至地底，消灭躲藏的感染体。 Alex Mercer伪装成士兵进行护送。
Episode 8
Things to Come
帮浦就位，大量的Hunter与Hydra感染体从地底涌出。
On Instinct
躲藏在地底下的Elizabeth Greene现身，被Alex Mercer击杀并吞噬。
Shock and Awe
Elizabeth Greene已被消灭，Alex Mercer企图摧毁Bloodtox的生产设施，佯装失手后与McMullen对质。 McMullen为了不让Alex Mercer夺取记忆，举木仓自尽。
Episode 9
The Last Man
Alex Mercer的匿名连络人身分揭晓，他是Blackwatch的队长，Robert Cross。军方开始撤离纽约市，并打算在市区引爆核弹以消灭病毒。 Alex Mercer开始追踪地面部队的领袖。
Two Tickets
Alex Mercer将抗命逃亡的Ian Taggart吞噬掉。 Alex变化为Taggart的外观，与Cross两人成功登上哈德逊港外的USS Reagan。
终章
One Thousand Suns
Alex Mercer吸收了主导者Peter Randall将军。军队领袖与感染核心Elizabeth Greene都被消灭，扮成Cross的Supreme Hunter现出真面目，企图吞噬Alex。消灭Supreme Hunter后，Alex将倒数引爆中的核弹载离纽约，沉入水底。核弹的威力将他炸飞，尸身的碎片在曼哈顿岛上吸收其他生物体，Alex Mercer二度复活。
以上就是游戏的基本剧情流程，但是上述的叙述法有个致命的错误：Alex Mercer早在游戏开始前的Penn Station事件中就死了，自认是Alex Mercer的男子，其实只是吞噬了Alex的尸体以及部分记忆的Blacklight实验病毒原型（prototype）。 Alex Mercer早就不存在了，玩家所操控的游戏主角，是以Alex Mercer的外观与部分记忆作为预设值的「Prototype」生物体。故事的趣味由此而生：Prototype自以为是Alex Mercer，但是却不知道真正的Alex Mercer究竟作了些什么、在整起生化灾难中扮演什么角色，它基于错误的认知而展开复仇行动，因而导致更大的灾祸。
那么，要理解整个《Prototype》的剧情，第一件事就是要弄清楚Alex Mercer的身分。
