1、由木马的客户端程序
由先前在win.ini、system.ini和注册表中查找到的可疑文件名判断木马的名字和版本。比如“netbus”、“netspy”等，很显然对应的木马就是NETBUS和NETSPY。从网上找到其相应的客户端程序，下载并运行该程序，在客户程序对应位置填入本地计算机地址： 127.0.0.1和端口号，就可以与木马程序建立连接。再由客户端的卸除木马服务器的功能来卸除木马。端口号可由“netstat -a”命令查出来。
这是最容易，相对来说也比较彻底载除木马的方法。不过也存在一些弊端，如果木马文件名给另外改了名字，就无法通过这些特征来判断到底是什么木马。如果木马被设置了密码，既使客户端程序可以连接的上，没有密码也登陆不进本地计算机。当然要是你知道该木马的通用密码，那就另当别论了。还有，要是该木马的客户端程序没有提供卸载木马的功能，那么该方法就没什么用了。当然，现在多数木马客户端程序都是有这个功能的。
2、手工删除木马
不知道中的是什么木马、无登陆的密码、找不到其相应的客户端程序、......，那我们就手工慢慢来删除这该死的木马吧。
用msconfig打开系统配置实用程序，对win.ini、system.ini和启动项目进行编辑。屏蔽掉非法启动项。如在win.ini文件中，将将[WINDOWS]下面的“run=xxx”或“load=xxx”更改为“run=”和“load=”；编辑system.ini文件，将 [BOOT]下面的“shell=xxx”，更改为：“shell=Explorer.exe”。
用regedit打开注册表编辑器，对注册表进行编辑。先由上面的方法找到木马的程序名，再在整个注册表中搜索，并删除所有木马项目。由查找到的木马程序注册项，分析木马文件在硬盘中的位置（多在C:\WINDOWS和C:\WINDOWS\COMMAND目录下）。启动到纯MS-DOS状态（而不是在Windows环境中开个MS-DOS窗口），用del命令将木马文件删除。如果木马文件是系统、隐藏或只读文件，还得通过“attrib -s -h -r”将对应文件的属性改变，才可以删除。
为保险起见，重新启动以后再由上面各种检测木马的方法对系统进行检查，以确保木马的确被删除了。
目前也有一些木马是将自身的程序与Windows的系统程序进行了绑定（也就是感染了系统文件）。比如常用到的Explorer.exe，只要 Explorer.exe一得到运行，木马也就启动了。这种木马可以感染可执行文件，那就更象病毒了。由手工删除文件的方法处理木马后，一运行 Explorer.exe，木马又得以复生！这时要删除木马就得连Explorer.exe文件也给删除掉，再从别人相同操作系统版本的计算机中将该文件 Copy过来就可以了。
