故事发生在大家都已经很熟悉了的蘑菇王国。这么一天，人们突然患上了一种怪病[メタコロ病]（译名暂未决定，恩），得病后身体会变得像巨大的球一样到处滚来滚去。为了解决问题，碧奇公主召开了紧急会议，但是邀请来的[星星精灵]黄色星星也没办法解决。于是希望落在了那对[兄弟]身上……
一开始的剧情后，马里奥和路易兄弟登场。小蘑菇会给玩家讲解操作方法，之后一直向北走去，路上会有一些金币砖块。前进不久就可以看到第一个记录点，之后进入右上方房间即可进行与库巴的战斗。
这是一场教学战斗，玩家可以在蘑菇爷爷的指导下熟悉战斗方式。当然，系列的老玩家自是可以迅速上手。结束了这场毫无难度的战斗之后，库巴被马里奥打飞，掉到了森林里。在那里一个奇怪的商人送给它一个奇怪的蘑菇，吃掉了蘑菇的库巴再次来到碧奇城堡，众人纷纷被它吸入了肚子里。
在库巴肚子里前进一小段路就有记录点，之后在下一个场景内可以看到黄色星星。要解救她就要站到水管状物体上，按方向键下，即可弹上去顶开机关。
△这句台词相当震撼，真的
救出黄色星星后，再次进入教学战斗。这里主要教的是跳跃反击，看准敌人攻击的时机起跳，不但可以回避敌人攻击，还可以给敌人造成伤害。干掉两个敌人后，战斗结束。
一路前进，消灭敌人并取得砖块里的金币和道具，路上还能发现一个回复点。很快就能找到路易，在他正下方跳起就可以把他抓下来，之后按提示按A踩中敌人，进入教学战斗。在这里需要进行两人的战斗，不过在攻击时没什么区别，只是注意敌人的攻击方式发生了变化。
救出路易后继续前进，来到如下图所示处，需要按照提示操作对应的人物跳起顶砖。之后继续前进可以发现标志着A的砖块，从中可以获得合体技能的[攻击零件]，一共需要收集10个。这些砖块位置都十分显眼，这里就不再说明了。当收集到最后一个后，就会发生教学战斗，学习兄弟合体技能[绿色龟壳]的使用方法。
战斗后继续前进，顶了紫色砖块后即可获得锤子。之后敲掉右边的木箱打开新的道路，在道路尽头处敲打按钮，再敲一敲掉下来的蛋，即可进入锤子的教学战斗。战斗后通过水管弹上去，继续前进即可穿过第一片区域。进入蘑菇屋，可以进行道具装备的购买，右下角还可以花10个金币进行完全回复。
进入左下方的区域[惊奇之骨]，在道路尽头可以看到黄色的神经突触，猛敲之下库巴终于醒了过来。但是它完全不记得自己是如何把众人吸进肚子的，也不知道自己现在在哪里。无奈之下，马里奥等人只好先等库巴进行一番探索。
操作库巴向右边前进，在锁住的门前的铁板处看准时机打击铁球，即可按下开关打开铁门。继续前进时库巴却发现自己的火焰吐不出来了，只好先向上前进。从记录点向右边前进，乘坐移动方块时要及时把挡路的石头打碎。很快库巴就看到了骗自己吃下[真空蘑菇]的奇怪家伙，他的目的则是妄图得到整个蘑菇王国，甚至连库巴大人的城堡也遭到了攻击。面对怒火冲天的库巴，他叫出了自己的手下[メタボス]（译名待定，恩），战斗随即开始。
本战是熟悉库巴动作的教学战，很容易便可通过。继续前进，不久就会发生剧情，从而开启[传送点]功能。以后只要找到这种紫色的旋涡状物体，就算是开启了传送门，可以随意传送到已去过的地方。而这种传送点，通常都隐藏在可破坏物体中，需要仔细寻找。再接着前进，即可来到下一个地点：海滩。
顺着海滩向上走，可以发现一座木排，乘上去后打击旁边的墙壁即可利用反作用力推动木排前进。在海上还有一排金币可以利用这种方式拿取。继续向上前进，库巴会被一个说着奇怪英语的方块老头叫住，要将困住他的小岛拉到岸边来。此时库巴的力气还不够，需要马里奥兄弟到新出现的场所[库巴的手臂]去帮助刺激肌肉。这是一个很简单的小游戏，玩法和合体技[绿色龟壳]差不多，只是失误一次就要损失1个金币。成功地把库巴全部力气激发出来后，小岛被拉了回来，老头也按照承诺把[真空方块]送给了库巴，并进入吸气的教学战。
在教学战斗后，继续向上进发。在看到记录点后，下一个场景内就将发生BOSS战。首先BOSS会将头放在手臂的水管内喷射，此时库巴看准时机击回，可造成伤害。注意，此战如果直接用库巴攻击是无法对BOSS造成伤害的。库巴行动时，使用刚才得到的能力吸气，将BOSS头吸入体内，由马里奥和路易与头部战斗。
体内战斗时需注意，如果直接攻击，次数过多，BOSS会发红，然后硬钻库巴的肚皮，造成库巴伤害。所以要尽快在BOSS进攻马里奥的时候用锤头将其击飞，并且头部会飞出体外插在身体不能动弹，此时用库巴进行几轮攻击就可以给其造成巨大伤害，重复几遍后BOSS就可被解决。
被解决的BOSS老老实实地变成了水龙头，马里奥兄弟也可以进入新地点[水泵区域]，也就是库巴的喉咙。库巴在上屏幕喝水，下屏幕就会充满水，一些挡路的门会浮起，而马里奥兄弟则可以在水中无限跳。前进到可以钻入的水管后，顶完一个考验记忆力的砖块，就可以开始收集本区域的[攻击零件]了。
来到上图所示的地点后，需要按X使库巴离开水龙头，把挡路的门放下来，打开开关。之后还需要在这喝水与不喝之间来回切换，大家需要灵活掌握。顺着唯一一条路走到尽头，会发现红色按钮，用锤子敲之会从水管里浮起一个球状物，此时要游过去将其推向左边，即可开通向下的道路。继续前进，兄弟两人终于看到了被困住的蘑菇爷，而此时锤子的功能也得到了强化，按B键后路易会把马里奥砸成小人，以通过一些低矮地形。要想变回来，则只需再砸一下即可。
继续前进，在如上图位置有秘道，可以拿到[攻击零件]。下一个场景则继续是推动紫色球体喂虫打开道路，再下一个场景则有最后一个[攻击零件]，随后新的特殊攻击[火球花]就完成了。继续前进，敲打按钮后会出来一个大紫球，将其推到左边场景去，一直推到大炮的正上方，并让库巴放水使大紫球掉进炮里。马里奥变小后去敲下面的开关，大炮会把紫球打到右边场景内。跟着紫球找过去，库巴也重新把水灌上，就可以把紫球推到虫子嘴巴里去了。从开通的道路下去，就可以拿到[带电的齿轮]了。回到记录点，在大门前按方向键上，就可以打开大门离开这里。
之后，可以选择的区域一下子多了起来，但其实只有右边的[喷火管道]是目的地。进入后不久就会发生BOSS战。这个毛毛虫BOSS很容易对付，它只有3种攻击方法：
第一：用舌头缠住马里奥吃进嘴里，只需看准时机躲避即可。
第二：BOSS会把吃进肚里的黄色星星给吐出来攻击，看准时机用锤头击回即可。
第三：BOSS会被火焰喷上天，飘落下来的时候攻击马里奥，同样看准时机躲避。
此BOSS速度快，有时会连续攻击两次，所以要注意。
解决它后，被堵住的喷火管道终于恢复畅通，库巴也可以喷出火焰了（地图上按Y）。喷活烧掉拦路的黄色枯树，即可继续前进。（此时可以回到之前的地图，烧树以拿取道具。）向右前进再次碰到说话怪异的方块老头，并且与他的宠物方块狗进行教学战斗。这场战斗主要学习的是库巴的喷火攻击，以及按Y键的新反击方法。
完成教学后向右上方进发，来到新地图森林。这里的草草木木都是可以烧掉的，有些草还能烧出金币，不要放过。在前方看到拦路的石墙后打击毛虫头标志，记下红灯亮起的顺序；到右边场景去按顺序击打相应的按钮，即可开通道路。顺着新路向上走便可来到方块老头的店，他会请求库巴帮忙找回15只方块猫。这些猫分布在世界各地，统统被怪物吃掉了，需要用真空将它们吸出来。用救回来的猫可以去跟方块老头交换装备，大家多多留意。
继续前进，顺着路往左边一路砸石头前进，到尽头处喷火点燃弹簧板，即可被弹飞回来砸开拦路的石柱。继续向上前进会发现被困的酷栗宝军团，为了救出它们，库巴要拔出埋在土里的巨大石头虫，此时则再次需要操作马里奥兄弟去给库巴刺激肌肉。把石桥搭好后酷栗宝军团得救，这就是库巴的特殊攻击了，之后照例是教学战斗。
完成教学后继续向上走，不久即可看到保护着一门大炮从库巴城堡里逃出来的三人组。为了用大炮攻破被占领的库巴城堡，大家分头去找炮弹。顺着右边的路一直前进，又会看到一个巨大的毛毛虫石像，解决方法跟前一个一样，按照顺序打击即可，不过要注意这一次虫头的方向是反的，所以按钮也要反过来打。
再向上走会看到一个巨大胡萝卜，库巴准备用这玩意当炮弹。马里奥兄弟这次去手臂刺激肌肉，玩法上会发生变化，大家只需要按照节奏来按键就好了。拔出之后库巴被一条大毛毛虫痛骂一顿，得知炮弹就掉在这片田里，但是不把这胡萝卜吃下去它就不把炮弹交出来。于是马里奥兄弟只好到库巴胃里去帮助消化，这个小游戏需要在1分钟内点掉全部胡萝卜块，一定要利用好消化炸弹，否则时间会不够的。在全部吃完后，有一个回去记录的机会，之后再与毛毛虫对话它会反悔，之后进入BOSS战。
此BOSS分为两种状态，发怒状态和一般状态，只有在将其四个关节打成浅色后，BOSS才会进入一般状态，此时攻击才可对BOSS造成伤害。
1：普通攻击可将其一个关节打成浅色。
2：BOSS头顶出现两个杂兵掉着巨大萝卜时，吸气可将杂兵吸入体内，萝卜将BOSS直接砸入一般状态。吸入体内的杂兵由马里奥和路易解决。
3：BOSS围着库巴转时，可对其关节进行攻击，但若BOSS转若干圈后扔不攻击其头部，BOSS将对库巴造成巨大伤害。
注意：已经变浅的关节若再攻击则将又变回深色
4：BOSS喷水种地会放出5个杂兵，需要连续击回。
5：BOSS直接冲撞库巴时，可看准时机攻击，可连续将其关节打浅。
反复几轮后就可击败BOSS
