早前，有传言称《名侦探柯南》即将进入最终章，“黑衣人”的真面目随之揭开。这是否意味着史上最强小学生、江户川柯南将结束他长达十多年的小学生生涯？柯南之父、漫画家青山刚昌日前在接受采访时透露，结局已经想好，并且“黑衣人”组织的头目已经在漫画中登场。
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乌丸莲耶符合组织BOSS身份的几点猜测：
1）乌丸莲耶死于半个世纪前，和组织成立的时间似乎很相近。
2）乌丸莲耶的家徽是乌鸦，乌鸦是黑色，组织的颜色也是黑色，并且BOSS的邮件地址按键音是《七子之歌》（又叫《七只乌鸦》），组织又称为乌鸦军团。
3）乌丸莲耶对外宣称99岁死亡，实际可能建立组织开发能使自己“长生不老”的药物而隐匿于世，该药物的半成品有可能就是APTX4869。
4）乌丸莲耶是大富翁，有资本建立一个具有一定规模的恐怖组织。
5）小哀曾经和柯南提到过，组织在半个世纪以前就和他们有着千丝万缕的联系了……同第一点猜测，乌丸莲耶因此极有可能是组织创始者。
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很多人认为黑羽盗一是黑衣组织的首领：在工藤新一NY事件中，我们得知有希子和贝尔摩德是在一个著名日本魔术师手下成为同门师姐妹，这个魔术师教会了她们化妆术，并多交了贝尔摩德一项技艺：变声。所以当沙朗（即贝）成功地化妆为警长替有希子解了围。
这样一个会变声的魔术师是谁？难道不是黑羽盗一吗？这样一想，黑羽盗一便存在着许多嫌疑。他是宠爱贝尔摩德的，否则不会只教给她变声术，却不教给有希子。
七个孩子的信息指明了乌鸦，乌鸦的羽毛是黑色的，自然是黑羽。
从“工藤新一小时候的冒险”中，我们发现黑羽似乎是一个很冷冽的人，鬼鬼祟祟潜入图书馆，给新一下战书，并用匕首把战书钉在墙上，不能不说这是一种诡异。
盗一一开始就很少正面出现，73也未明确盗一已死，只是失踪，另一部漫画《魔术快斗》里，说快斗的父亲是因为一个黑衣组织才销声匿迹，可能是他通过这个组织把自己隐藏起来，只是失踪了一样。很多人怀疑他就是黑暗组织的boss。
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这是最常见的一个怀疑。人们普遍认为，一个一直\"没发明什么有用东西\"（工藤新一语）的博士，如何会拥有其实并不少的资产？另外阿笠博士在剧集中也做出了很多很有用的东西，为什么会一直默默无闻？有人认为阿笠博士的身份很值得怀疑，加上柯南和灰原哀出现的巧合，让人怀疑阿笠博士很可能就是\"那位先生\"。但银杏色的初恋 以及这本身是少年漫画 证明了他并非组织首脑.
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也有人相信毛利小五郎才是黑组织的首领。一个很好笑的理由是组织的成员代号都是酒名，而毛利大叔很喜欢喝酒……此外毛利大叔有时忽然爆发的推理能力也使人生疑，觉得他一直在装糊涂或者是大智若愚。其实毛利大叔的嫌疑是最小的。在TV425中，琴酒曾下令木仓杀毛利小五郎。见过\"那位先生\"本人的琴酒，恐怕不会下令杀死组织的首领吧……
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新一的父亲也是怀疑对象。他具有超过柯南的推理能力，还有在美国的神秘生活。组织磁盘中存有以他作品主人公命名的\"暗夜男爵\"病毒，还有他的妻子有希子是组织成员苦艾酒的好友。种种迹象表明，工藤优作和组织似乎也有一些瓜葛。另外柯南每每能够在与组织对抗的绝境中不可思议的逃生，是不是因为组织成员得到优作的授意不得伤害柯南呢？那也不怎么可能,如果真是这样,为什么琴又要灌他毒药呢?
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作为赤井秀一和朱蒂的上司，FBI探员詹姆士也有些奇怪的地方。例如在他初登场时，柯南注意到他的名字和莫里亚蒂教授同名而且生于伦敦，同时又来自曾经黑帮横行的芝加哥，而姓氏恰恰是英语的单词\"黑\"（全名James Black 詹姆士.布莱克）。之后詹姆士也有一些奇怪的行为，使人产生一些联想。
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就是TV425中组织刺杀的土门康辉的政敌帝都大学医学院教授,曾研究与开发过多种新药品的常盘荣策,根据Pisco说他为BOSS服务几十年,BOSS是上了年纪的,因此不可能是那个年轻的演员另一个演员千头顺司.并且他又是研究新药的教授,组织不是对这方面的事很热衷吗?可能73就在这里埋了伏笔。
