南方周末7月10日报道，“我在微博上跟他拼了，为了真理。”崔永元对南方周末记者说。“他”是指方舟子，2013年9月，因为对转基因的不同认识，崔永元和方舟子进行了一场旷日持久的“口水战”，崔永元为此不惜从中央电视台辞职。
“一个是他不停地告我，一个是我在微博上跟他拼了，所以什么中央台的管理规定全部扯淡。我当时连续发微博，天天掐架，中央台没人找我，我知道有戏了，他们放弃管理了。”
崔永元对南方周末记者承认，其实一直在央视享受“特殊待遇”。
不用开例会，不用随时被召唤，没有人盯着他，一年只需去台里12次——央视主持人不能随意换发型，崔永元不得不每个月去见一次发型师。
央视从来没在经费上压制、克扣他；每一任台长的办公室都对他敞开大门，他可以直接走进去和他们谈话。这一切特权，都是因为他“有病”。
“所有人都给了我最好的照顾，我没有什么可抱怨的，真的。”崔永元对南方周末记者说。他抱怨的是在央视做节目的理念。他递过三次辞呈。其中一次，是他吃完安眠药写的，写得“像胡风的三十万言书”：“比如柬埔寨暴动连线，你就直接说柬埔寨这边怎么样就好了，干嘛非要‘××，你好’‘主持人，你好’，这不浪费时间吗……‘为了今天顺利直播，我们有三个注入点。’这话说得都是神经病。你说三个机位观众都不一定听得懂。什么叫三个注入点，跟观众有关系吗？”
甚至《实话实说》，崔永元也早在1999年就做不下去了，后面三年半都是强撑着：“《实话实说》里，嘉宾们讨论完，结尾都是开放的，但是他们不允许。哪怕讨论再热闹，我最后也得对着镜头，把它归纳成一段结论，我接受不了。”崔永元告诉南方周末记者。
2013年，崔永元最后一次交上辞职报告，为了好好和方舟子“吵架”。
从2013年9月开始，崔永元花了极大的精力在研究转基因上，他甚至自费赴美拍摄有关转基因的纪录片，通过互联网播放。他在2014年的政协会上提案，要求了解农业部“国家农业转基因生物安全委员会”的职能、业务程序和工作流程。
崔永元说自己维护的是消费者的知情权、选择权。他的理由简单：如果转基因真的好，为什么如此经不起质疑和反对？
2014年6月16日，崔永元发表公开信，要求就“转基因”和中国农业大学校长柯炳生公开辩论。此前一天，柯炳生在农大主办的“2014中国农业发展论坛”上，对崔永元拍摄的转基因纪录片发表看法，认为其观点“不是主流，站不住脚”。
“在转基因领域，你我都是外行。农大的学生很棒，他们在网上捍卫柯帅，虽情绪激动却很少谩骂。所以，我们可以当着他们辩论一次。”崔永元说。
2014年6月12日傍晚，南方周末记者在中国传媒大学老图书馆专访崔永元。这座8600多平方米的老图书馆，如今成为崔永元的老电影资料馆和崔永元口述历史研究中心。与其他博物馆不同，每天5点半下班后，这里又成为学生的公共自修室。
离开央视，51岁的崔永元现在是北京市永源公益基金的理事长，也是中国传媒大学的一名教授。他今天从事的主要工作，其实早在他仍是央视名嘴的时候，就已经在进行。2002年他开始了口述历史的搜集拍摄，2007年他开始乡村教师培训项目，并成立崔永元公益基金。“不得不说，央视对我有点特殊。”崔永元说。[attachment=8150817]
