- 奥特曼作为无敌的战士，只需要有太阳能，但是奥特曼在地球上作战也好，在宇宙空间也好，都拥有这些弱点困扰着这些战神们。- 时间限制
- 这是在地球上战斗的最大缺点，由于地球有大气层，阻挡了绝大多数的宇宙副射，因此奥特曼在地球上能直接获得的太阳能是非常微量的，只能用储备在体内的太阳能进行战斗，一般能维持的战斗时间为3分钟，雷欧大约是2分40秒左右。- 而在时间限制的背后，其实是初代奥特曼拍摄的时代，圆谷公司资金不足，由于拍摄战斗场面非常消耗资金，没有办法，所以只能把战斗场面极大的压缩，因此设定了“奥特曼只能战斗3分钟”的弱点，而到了《赛文奥特曼》的时代，圆谷已经有足够的资金拍摄更长的战斗画面，但因为观众强烈反应加回时间限制这个设定，于是赛文奥特曼初期是无敌的，后期加入了时间限制。
惧怕寒冷
- 毫无疑问，奥特曼是怕冷的。这个设定是在《赛文奥特曼》的中期加入的，赛文奥特曼在极寒环境下头上的指示灯第一次闪烁，之后机能便大大下降；而在续作《杰克奥特曼》中，杰克也因为冷冻怪兽的能力而被分尸过一次；《艾斯奥特曼》中就更加明确了，奥特兄弟被困高格达行星，就是亚波人释放了冷气让奥特兄弟瞬间丧失了战斗力并且被封入了十字架中。- 雷欧奥特曼也因为冰冻而被碎尸，梦比优斯奥特曼也是因为胸口被刺入尖刀后，瞬间被冰冻而无法战斗。奥特系列中，对“奥特曼怕冷”这个话题，官方的表述是非常明确的了。
彩色计时器本身也是弱点
- 奥特曼胸口都有的彩色计时器，也是比较明显的奥特曼的弱点，初代奥特曼中，奥特曼被宇宙恐龙杰顿击中彩色计时器，瞬间失去行动能力；《泰罗奥特曼》中，杰克被小偷怪兽多罗波偷走了彩色计时器后，就变成了瘪了气的皮套，也证明了这个部位被破坏的危险性对奥特曼来说非常致命。
