一、在安全模式或纯DOS模式下清除病毒
计算机感染病毒的时候，绝大多数的感染病毒的处理可以在正常模式下彻底清除病毒，这里说的正常模式准确的说法应该是实模式 (Real Mode)，这里通俗点说了。其包括正常模式的 Windows 和正常模式的 Windows 下的 "MS-DOS 方式 " 或 " 命令提示符 " 。 但有些病毒由于使用了更加隐匿和狡猾的手段往往会对杀毒软件进行攻击甚至是删除系统中的杀毒软件的做法，针对这样的病毒绝大多数的杀毒软件都被设计为在安全模式可安装、使用、执行杀毒处理。在安全模式(Safe Mode)或者纯DOS下进行清除清除时，对于现在大多数流行的病毒，如蠕虫病毒、木马程序和网页代码病毒等，都可以在安全模式下彻底清除的，不必要像以前那样必须要用软盘启动杀毒;但对于一些引导区病毒和感染可执行文件的病毒才需要在纯 DOS下杀毒(建议用干净软盘启动杀毒)。而且，当计算机原来就感染了病毒，那就更需要在安装反病毒软件后(升级到最新的病毒库)，在安全模式(Safe Mode)或者纯DOS下清除一遍病毒了!
二、带毒文件在 Restore 目录下，*.cpy 文件中
这是系统还原存放还原文件的目录，只有在装了Windows Me/XP/VISTA操作系统上才会有这个目录，由于系统对这个目录有保护作用。对于这种情况需要先取消" 系统还原 " 功能，然后将带毒文件删除，甚至将整个目录删除也是可以的。
三、带毒文件在.rar 、.zip 、.cab 等压缩文件中
对于绝大多数的反病毒软件来说，现在的查杀压缩文件中病毒的功能已经基本完善了，单是对于一些特殊类型的压缩文件或者加了密码保护的压缩文件就可能直接清除了。要清除压缩文件中的病毒，建议解压缩后清除，或者借助压缩工具软件的外挂杀毒程序的功能，对带毒的压缩文件进行杀毒。
四、文件中存在病毒的残留代码
这种情况比较多见的就是带有 CIH 、Funlove 、宏病毒(包括 Word 、 Excel 、 Powerpoint 和 Wordpro 等文档中的宏病毒)和个别网页病毒的残留代码，通常防毒软件对这些带有病毒残留代码的文件报告的病毒名称后缀通常是 int 等结尾，而且并不常见，如 W32/FunLove.app 、W32.Funlove.int 。一般情况下，这些残留的代码不会影响正常程序的运行，也不会传染，如果需要彻底清除的话，要根据各个病毒的实际情况进行清除。也可以借助相关的清除工具及修改注册表来完成。
五、共享目录杀毒
遇到本地共享的目录中的带毒文件不能清除的情况，通常是局域网中别的用户在读写这些文件时，杀毒的时候表现为无法直接清除这些带毒文件中的病毒，如果是有病毒在对这些目录在写病毒操作，表现为对共享目录进行清除病毒操作后，还是不断有文件被感染或者不断生成新病毒文件。以上这两种情况，都建议取消共享，然后针对共享目录进行彻底查杀，恢复共享的时候，注意不要开放太高的权限，并对共享目录加设密码。 对远程的共享目录(包括映射盘)查杀病毒的时候，首先要保证本地计算机的操作系统是干净的，同时对共享目录也有最高的读写权限。如果是远程计算机感染病毒的话，建议还是直接在远程计算机进行查杀病毒。特别的，如果在清除别的病毒的时侯都建议取消所有的本地共享，再进行杀毒操作。在平时的使用中，也应注意共享目录的安全性，加设密码，同时，非必要的情况下，不要直接读取远程共享目录中的文件，建议拷贝到本地检查过病毒后再进行操作。
