文件系统碎片对于大多数的计算机用户来说，并不是一个很陌生的问题。但实际上，他们并不了解它的真正危害。他们不知道文件的碎片会导致系统性能降低，使得运行速度下降。对于家庭用户来说，在游戏中的表现就是最好的例子，毕竟，在通常情况下，这属于对性能要求最高的项目。
了解文件系统碎片会带来危害的用户往往也知道碎片整理程序的存在，他们有时甚至会使用它。但大部分用户在这方面做的是远远不够的。特别是对于安全方面来说，这应该是一个非常重要的问题。
下面提供的这个关于在安全方面目前面临问题的列表尽管非常简短，但是考虑到碎片整理(通常情况下)是相对简单的事情，所以在需要避免风险的时间，这么做的重要性就进一步显示出来了。
碎片整理在安全方面包括了三个关键项目：
1. 灾难恢复：如果系统中出现了文件错误的情况，需要进行数据恢复操作，这时间，很多恢复工具都可以利用文件分配表作到这一点。但如果文件已经被破坏，这样会导致恢复难度增加，耗费的时间也会上升，这时间假设你的文件碎片也很多，这将会进一步降低恢复的成功率，恢复工具重建文件的可能也迅速降低。因此，你应该有保存良好的最新备份。但如果包含重要数据的文件是在两次备份之间存储和损坏的，该怎么进行处理呢?对于数据安全来说，这是一个非常现实的问题。
2. 输入/输出活动：驱动器上的数据越分散，进行读取和保存操作时耗费的时间和概率就越大，产生的热量也就更多，性能下降会变得更快，由于部件磨损导致整体使用时间的减少也就会变得更迅速。普通固态硬盘由于设计方面的要求，写入操作的次数是受到限制的，这也就意味着分散的数据将会大大降低它们的整体使用时间，尽管数据整理本身也会产生这样的效果，但相比而言，是比较轻的。从数据安全的角度来看，长期这样导致的最坏结果就是系统崩溃了。
3. 性能：你可能认为，性能的降低仅仅是一个小麻烦，但实际情况不是这个样子的。它还会导致包括应用层防火墙和病毒扫描工具在内的安全软件速度、效率和有效性受到严重影响。病毒扫描就是受影响最大的部分。由于扫描工具和病毒定义库的分布是支离破碎的，对于需要能够定期扫描整个文件系统以提供完整保护的它们来说，运行会带来很大的不便。备份操作也会受到影响。
当然，选择效果更好的解决方法并不是一件非常困难的事情，只要采用不会产生很多碎片的文件系统就可以了。实际上，大部分现代操作系统提供的文件系统，对文件碎片处理的效果都是不错的。举例来说，UFS、ext3以及ZFS等文件系统都完美的解决了这个问题。但通常最常见的两种文件系统NTFS和FAT32(仍然应用在许多外部存储设备中)，却还没有有效地解决这个问题。
作为NTFS和FAT32文件系统的主要使用者，微软Windows操作系统在默认安装情况下，包含了一个碎片整理实用工具。但作为第三方工具，defragmenters可以做得更好。如果采用了微软Windows操作系统的计算机位于大型网络内部，并且运行了大量输入/输出操作，从价格、功能、可靠性、效率以及实际效果等方面综合考虑，它是一个不错的选择。但是，请注意，即使是最好的碎片整理工具，也不能改变微软Windows操作系统会让系统运行速度变得越来越慢这样一种事实。
现代非微软操作系统采用的是不需要进行碎片整理的文件系统：FreeBSD操作系统使用的是UFS文件系统、Linux操作系统的大多数发行版本使用的是ext3文件系统、OpenSolaris操作系统使用的是ZFS文件系统。其它类型的文件系统还包括了reiserfs、XFS以及JFS。举例来说，如果存储设备上已经充满了数据(一般情况下指的是超过百分之九十八的存储空间被占用)，这时间文件系统才会出现重大的问题。在这种罕见的情况下。功能完善的文件系统会通过转储和恢复等工具迅速重建文件分配系统。
不管是这样还是那样，你都该让自己的文件分配系统经常进行碎片整理，这样不仅可以提高性能，而且也可以保证数据安全。最好的解决办法当然是采用不容易产生文件碎片的文件系统。但如果不能够做到这一点的话，经常进行碎片整理可以提高数据保护的安全性，并且提高对恶意黑客和恶意软件的防御能力。
