整个《仙剑奇侠传Online》架构在数千年前浑沌仍是一片浑沌时，人、鬼、畜、妖、仙、魔共同居住的一块大陆。由于长久以来彼此纷争不断，天神不忍见弱小的人类惨遭无情毁灭，因此开辟了几个不同的世界将这些敌对的族群分开，形成了天、仙、魔、人、鬼各自的领域。为了确保族群之间不再相互侵犯，天神在不同世界之间的通道入口设下具有强大力量的结界，于是世界停止了长久的纷争，直到一场异变，改变了这一切……
在人类与仙、魔等族群过去的斗争和对峙中，人类也逐渐从其他族群身上学会了如何运用仙术与魔法，并融合本身原有的技能，发展出不亚于仙魔的力量，在纷纭的乱世之中开拓出众多的武术绝学。由于学会了各种仙术及魔法，人族逐渐有了称霸天下的野心与欲望，于是江湖上兴起了大大小小的武林门派，如蜀山派、丐帮、达摩寺、雪山派、巫月神教、鬼影门以及天魔教等。
在芸芸众生中终究出现了一名武功出神入化，传闻名为李逍遥的侠客。他闯入魔界通道，企图打破天神设下的结界。在通道中，李逍遥遭遇两尊守护神的强力制止，经过七天七夜不断的缠斗，侠客眼见闯关无望，指天为誓将禁咒注入宝剑天无神，狂啸之中使出绝命一击，通道内一声巨响，震撼波动遍及各界，致使严守魔界通道的守护神倒下一尊，而侠客也不知去向。经此巨变，防堵各界通道的结界与守护神的力量减弱了许多，不同世界的好战份子藉此蠢蠢欲动……
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