主角名叫安东，出生在2013年地球出事前，随后整个地球就被核火摧毁了（被核火摧毁是原文，没有交代是战争还是什么）。因为安东那时很小，所以什么都不记得——不知道为什么会发生核灾难，不知道为什么只有碰巧在莫斯科地铁里的大约4万人活了下来。大家在各个站台和停车场搞了聚居地.一晃20年，大家一直满怀重返地面的希望在地铁里艰难的生存。

一晃就是20年，大家想出了各种方法改善生活。懂机械的搞机械，懂电子的搞电子，不知谁还抱回了一窝窝的小猪崽、小兔崽……日子艰难，但能生活。
时间长了，人寂寞了，就想方设法给自己制造娱乐节目、自创帮派。于是红军、纳粹、黑市组织相应出笼，逐渐各自为阵，各有各的信仰、各有各的规矩。
直到……主角所在的聚居地被从未见过、具有某些智力的突变生物有组织的攻击。小聚居地逐渐被毁灭，地铁各站台各停车场之间的贸易交流也受到了阻碍，人心惶惶、都觉得末日将临。

（游戏最开始的那段是倒序的结局部分的开端，就放到最后再说了。）
某天安东所在的地铁站一老朋友猎人来访（猎人是一种新兴高危职业，从事贸易、勘探、保镖等业务，偏正义事业），安东继父阿历克斯是这小站的负责人，就走点后门带安东也去看看。猎人说是总部派他出来打探下最近听到的一些怪事，顺手递了张从路上的买卖人手上买来的自由女神旧明信片（安东好收集毁灭前的照片），相互唏嘘下好多小站都被怪物灭了，形式凶险啊。没说上几句话就有怪物通过通风管道来袭，猎人分析是因为医院的血腥味引它们找到了进来的路。主角顺利消灭怪物，被猎人赞：这孩子的木仓法很棒啊（其实是夸我）～～话音刚落有人通报主角继父……前卫岗哨全灭。

猎人觉得这事态严重了，决定马上往这些整个人类聚居地的更边缘去看看究竟（安东所在地算是一个前哨聚居地，建来抵挡一般的突变生物的）。临走时交给主角一个猎人狗牌，说如果自己到了早上还没回来就拿这个去Polis（Polis是一个民主主义派占据的站，似乎是最繁荣人最多最大的地方）站找他们当头的米勒，把情况如此这般报告了。
猎人没回来，安东同学决定到Polis报信，但暂时没办法上路（具体原因不太清楚，猜测一是其继父不支持，另一是没人向导不懂路。）。
某天，与他们相邻的一个站Riga需要守卫，安东决定报名，然后在那里找机会往Polis前进。

安东的申请通过了，尤金来通知他出发，千叮万嘱要拿齐东西（看来安东这孩子经常丢三落四）。临走时见见继父，继父惯例夸一下孩子有出息了====然后领了最基本的装备（防毒面具、面具过滤器、土制冲锋木仓一把，子弹两梭子，救护包若干。另有手木仓，是之前守卫医院时继父发给他用的，子弹剩多剩少就看那时的你开了多少木仓了）。
欢天喜地的坐上手摇车，正要启动，来了一个想搭顺风车的。接安东的老头鲍里斯说：行啊，但是你得摇车。对方：没问题，我行的。
一路上那个热闹啊，旁边有做贸易的结队前进，经常还能看见修缮洞壁和电力设备的。直到……守门的说了：原来那条塌方了，你们得换条。
一听要换条，鲍里斯顿时一阵气紧。旁边两个赶快问：咋啦咋啦？鲍里斯吞吞吐吐：没啥啊……很普通的……就是年代久了……其实我上个月还走过……哎呀，反正我就是不喜欢……（听这话就知道不对，但主角单纯啊，剧情还得发展啊，就继续了）。
前进前进，看见几个黑影（暗黑那啥的精神攻击开始了），然后晃过几个突变生物。三个人开始大呼小叫（这点要夸下主角，一直就没吭过气）。摇车那个说：要想快，就来帮手。于是尤金也来帮忙，让安东自己小心的盯着前面。
安东盯着是盯着，怎么听这后面几个说话越来越不对，回头一看，全倒了，自己试着摇一摇尤金，也没反应，跟着两眼一黑，自己也啥也不知道了（这算是那种新的有点智慧的生物第一次精神攻击安东吧。这生物的名字硬翻的话类似于暗黑那啥、暗黑某某，呵呵，似乎是一种群体智慧生物。精神攻击类型一般是催眠、魅惑，后面会出现远程物理性攻击，这里就不说了）

为了故事的顺利发展，安东先醒（为什么这集就没交代了）醒来之后摇醒尤金，鲍里斯估计年纪大了，所以还没睡够。搭顺风车的也年轻啊……估计是反正要死的，早醒早超生，还是算了。
一群突变生物从车后追过来，尤金摇车鲍里斯睡觉，还有一个等死，只剩主角能动了。在前面领木仓的时候给安东木仓的人说过一句话：这山寨货有着可怜的准确度，和如同地狱般的过热温度，所以大家一般叫它“混蛋木仓”。尤金看不下去了，腾出手就是一霰弹木仓，轰得安东那个耳鸣啊（其实这时候我还以为是我自己耳鸣），然后递给安东让其用这把（也就一山寨货，一次两发不说，远了跟打水木仓似的，只见火花不见中弹。这时最好用的木仓还是手木仓，威力不小，可远程射击，装填快，一次6颗可扛3只，这可是安东他爹给的，虽说不是亲爹）。
然后安东坠车了（安东有坠车命，经常的，跟紫龙有脱衣宿命一样），爬起来玩命似的朝前跑。幸好这里离Riga的哨卡不远，终于和鲍里斯大军、尤金大军胜利会师。鲍里斯打退突变生物的第一句就是：老子要整一壶……

酒馆里，俄罗斯人惯例是要灌伏特加的，一次灌一盅，10秒灌3次。鲍里斯恭贺安东能从突变生物堆里杀出重围，召集全酒馆的都来敬酒，还说要给安东勋章……后来一想勋章没用，就掏出他们的通货——制式子弹——给安东发了奖（平时用的子弹都是山寨弹，威力有限，制式子弹因为威力大，数量稀少，能体现生存的硬汉特色，所以成了通货）。一看钱摆在了桌子上，一个妓女遛达了过来，安东刚20岁啊，那时的女人又少见，（我）目不转睛的盯着看，直到镜头转不动了其实都没看清楚她长什么样（环境太黑，来不及给显示器调亮）。鲍里斯和尤金借机取笑下安东，就放安东自己去找乐子。

出酒馆晃了晃，没找到妓女，但看见一个小正太在给自己招手（一样很可爱很诱人），于是赶快走过去。小正太说有个又壮又吓人气味不哪样的叔叔让他带话让安东过去聊聊。左边是天使，右边是恶魔——点左键给小正太一颗制式子弹，点右键什么都不给（这类选择真的不影响剧情）
这叔叔有个响亮的名字——波旁，要去Dry，但Riga封门了，不知道什么时候开，也不知道会不会开（都是之前安东、鲍里斯、尤金带过来的突变生物大军害的）。波旁说自己知道个秘密通道，正好安东也有空，就邀请安东一起逛逛地下世界，另外，事成之后……咳……送把AK给安东。安东犹豫啊，这叔叔不像是好人，但是抵不住好奇和贪婪（主要是我好奇我垂涎他的AK），答应了。
波旁是个好叔叔，虽然好像到处都有人巴不得他死，但他教会了安东在地下世界旅行的入门知识，
1.  通道里发出的怪声其实没啥影响，气氛用的。
2.  小的那种突变生物（洞里来洞里去）是埋伏落单的人的。
3.  不要碰挂起来的罐头盒子，那是别人装的报警器。
4.  注意脚下的陷阱，常有秒杀之功。
5.  还有就是……这世上还是有强盗。
6.  课间休息，今天内容——打强盗。

着实践出真知的教育思想，波旁以大师级的潜行技能躲到一个绝对安全的角落。安东嫩，还不是太明白，就跟着过去了，波旁不乐意了：拿了钱就要干事！快去！快去！于是安东单挑一群土匪，以打代练，圆满结束上阶段课程。
感性的安东感叹（难怪他后来写了地铁2033回忆录，天生艺术家）……到Polis之前会有多少自己的同胞想干掉自己啊～
打完土匪打突变体，很羡慕波旁无限的霰弹木仓子弹（我想起了修改器）。通道尽头，黑市（到Dry之前的一个中间地点）正门前的通道被封，波旁叔叔骂骂咧咧的带着安东窜进小道（都是被突变生物追的），前面就是迷失之墓……
地上一堆尸体，装备散了满地，不用波旁说，安东直接冲上去就开始搜刮。
波旁去开门，一边唠唠叨叨：……安东，我们出去之后我肯定会付你报酬的……这句话不对啊，这个靠走黑货赚钱的家伙，哪来那么慷慨。
迷失之墓的现实和幻境是交错的，这是暗黑那啥第二次精神攻击安东他们。“现实”中可以捡装备，但并没有向门移动；“幻境”中则是真正的朝门前进。
波旁的唠叨变成了神叨……总之这次精神攻击含有催情成分，波旁叔叔想情人想疯了，不断的摆弄着门（怎么摆弄的别问我哦，自己看）在幻境的真实移动中，安东拉了波旁一把，两人一起跌出了迷失之墓。

黑市的守门负责人看来和波旁有生意上的恩怨，不光故意慢吞吞的不开门不说，好不容易勉强露了个面，坚持要求波旁和安东暴露在突变生物的视野里谈生意（天杀的，真会挑时间——我的旁白，我也着急啊）……

开了门，守门的和波旁那个亲密啊，马上就到旁边"会谈"去了，“会谈”是有效果的，结果是让双方满意的，可以通过这里继续朝Dry前进。波旁让安东去买点过滤器，自己先去和酒吧某人谈生意，5分钟后会合。
随便逛逛，随便买点，黑市就是黑市，啥都能买到（不过安东不能）。然后找到波旁。出发，下一站是死城。死城在地表，难怪要买点过滤器备用（戴上面罩，安东会调手表倒计时——红色区域，到了就会自动换一个过滤器，中途可以手动换，避免正在和敌人蹦恰恰的时候换得你心惊肉跳）
出门这边还有个负责人：你“会谈”没？
波旁：谈了，结果很愉快。
负责人：但你没和我“会谈”啊。
波旁：……来嘛来嘛，谈就谈。

死城一路都得戴着面罩，这污染和这天气不知道还要持续多久。波旁叔叔带着安东走捷径，用矫健的身姿踩过两辆废车到了裂缝对面。安东心里就打鼓了……这样踩还要不要后面的人过啊。果然～～
换条路吧，分散前虽然波旁有嘱咐，其实早就放弃安东了。这种地方一个新手自己前进，没见过活的。安东就是安东，因为还有个前缀——主角安东。所以摸了出来了，逮到了正在尸体上搜刮的波旁。波旁吓了一跳，还真没见过能活着摸出来的新手。本来想谴责下波旁在尸体上搜刮是对死者不敬，顺眼瞄到还有东西没被搜刮干净，赶紧不听波旁废话，直接窜了过去接手。
小插曲：刚摸出地铁站的时候，波旁让安东躲Bitchs（瘾妇）远点。我那个高兴啊，探出头一直想看瘾妇在哪里……结果被波旁叔叔骂。看来波旁叔叔用的是Bitch的另一个意思——悍妇——来称呼会飞的突变生物，害得我瞎激动了一把。这种生物的一般称呼为恶魔（Demons）。

在Dry通风口附近，安东和波旁同突变生物来了一次血拼，那个惨烈啊……幸好悍妇撒泼，撞翻了挡住通往Dry的铁栅栏，否则就是地铁2034的时候，有人来从安东身上搜刮了。
Dry是一个强盗盘踞的站，波旁这种胆大毛粗的家伙也很紧张。刚从通风管道落地就被一群强盗喽罗噼里啪啦的按翻在地，波旁说出和他们家头头有个“会谈”，哐当就挨了一下……原来他们家头头正想收拾波旁。
安东为了防止喽罗们搜到波旁的行李，就拽过来身边放着，等搜查完之后，悄悄的从通风管左边出去（左边是天使，右边是恶魔；左边给钱，右边不给；刚才谁叫波旁走右边呢）。安东为了有效的救出雇主，已经对着包包狂按了一阵E键，同时发现了闪亮闪亮的AK。今夕不同往日，安东落地、瞄准、飞刀。右转，穿过大厅，朝瞌睡那位飞刀。原地左转，手雷飞出。回身挪近大厅，手雷飞出，潜行到大厅左侧，对着前面探头探脑的守门土匪突突突几下消声手木仓。再潜行到门边朝里一个手雷，完事……这时候的安东，不是一个人在战斗！那一刻，安东被波旁灵魂附体！
波旁看起来几乎无所不知无所不能，人际经验、战斗经验也是一等一的，但获得这些的代价就是他必须向更有势力和更危险的人做出承诺。这些承诺有物质的，也有非物质的，极少数欠债还掉了，更多的是靠着更多的承诺赊欠着。债主和波旁翻脸是迟早的事，即使这次强盗老大放过他，也会有其他人等着干掉他。

卡恩，一个传奇猎人，神兵天降（确实有点神），刚才就暗中罩着安东，难怪安东如战神附体。老头子很干脆，几句话就把安东镇住了：那是波旁自己的路，你的命运不该和他绑在一起，所以，你是等着其他强盗冲过来把你弄得渣都不剩呢，还是跟我走？

官僚体制害死人啊……向Polis的报告花了4个多小时，但议会居然拒绝安东寻求帮助的请求，也不打算对暗黑那啥来点什么反应。对于不在家门口的危险，推诿是最好的保障权利的方法（还记得杨威利对民主共和的评论不？）

米勒叔叔不乐意了，年纪虽然大了，但是激情仍在，而且他一直是猎人的粉丝，猎人代表说话焉能不听。如果不是Polis的军事需要他负责，肯定一早就追随猎人的脚步去了（不过之所以米勒没有去追随猎人，是因为他无法做到猎人的心态，他有太强烈的愿景和对力量的追求）。他安排安东去地表的一个好大好大的图书馆，那里藏着导弹发射指挥部（D6）的地点资料。这源于之前有巡逻兵发现了完好的导弹发射基地，于是米勒想动用导弹直接轰炸暗黑那啥所在的方位（至于为什么一来就整个大的……米勒在导弹基地里向安东表示过：他希望完全掌控这威力无穷的武器，有朝一日用这力量重返地面。其他的我就不知道了）。米勒决定和安东兵分两路：他走安全那路，安东走危险那路，理由嘛：一，他是NPC，二，避开议会的注目。

米勒叔叔的搭档为了躲悍妇，从图书馆守门的变成跟着进了图书馆，然后又在图书馆里被悍妇吓，再被悍妇打（这人昨天晚上一定去了什么地方，闹下了姻缘），结果还得米勒叔叔要送他回Polis验伤，安东又变成了没人要的孩子。

安东在图书馆里遇到一种新怪物——图书管理员（这是真的，我没乱说），比地铁里的突变生物厉害多了，还好它们不是一家人。这猩猩状图书管理员单纯啊，没见过人这种珍稀动物，在安东面前左端祥右端详，充满了好奇，还经常埋伏起来和安东躲猫猫。安东谨记米勒叔叔教诲，避开这家伙……奈何地板到处是洞，左闪右避，经常落回原地。一怒之下战神附体，全剿。
杀到档案室，靠……山一样高的档案柜，哪里去找啊。人品爆发，一个巨大的“D6”两字印在某档案盒上……这该如何理解。反正找到了，不想了，现在要紧的是——米勒没回来——跑！

窜出地面，一个图书管理员盯上了安东，也难怪，安东偷书啊～～谁叫人家是管理员呢。千钧一发之际，米勒开着汽车来给安东撑场子，直接把管理员撞飞了——这叫偷书也光明正大轰轰烈烈。卡恩大叔，不，应该是卡恩大佛显灵，他一直跟着安东，看着安东被众多管理员虐待，看着安东在山一样高的档案中发疯，并且有充分的时间去告诉米勒安东这孩子不认识路，丢在了哪里……传奇且神的卡恩大叔。

最后的激情战士在地面的斯巴达人类前哨基地整修。这里有个弗拉基米尔大叔，他告诉安东：公家的装备，随便拿（大家不要学坏了）。
然后卡恩大叔又对安东进行了一次哲学教育。安东奇怪啊，每次和卡恩叔叔说完话之后，脑袋中都会哐啷哐啷的响一阵。

在开往D6的车上，大家开始讲鬼故事，说是基辅附近的设备站（米勒选了这条路，到D6最快）曾有过一次爆炸，炸死了不少人，不过有传言说那些人并没有死，不过也不再是人了，传言还说看见那段隧道里出现了某种烟雾。
米勒大叔正气凌然：不许胡说，弗拉基米尔大叔就是那时的生还者，但他就没说过有这些事（没有吗？弗拉基米尔大叔每次看着安东时安东都感觉那眼神和表情很暧昧的）。
鬼故事果然厉害，听得安东两眼一翻，当即晕倒。暗黑那啥和队友站成两边都在深情的呼唤安东过去（任选一边安东都会醒）。
醒来后大家是嘘寒问暖，安东很感动。一波未平一波又起，突变生物结队来访。安东不慌不忙，操起火焰喷射器，用烧烤来慰劳这些欢聚一堂的战友。紧接着跟过来一位贵客——一个好大好大的电荷球——它本来是送突变生物们过来的，不过等不及了，想赶快加入，安东他们当即离席把余下的大餐全部留给了这位贵客（贵客眼神不好，胃口又大，一般都是捞到什么吃什么，不管是主人、客人还是食物）。

设备站里，乌尔曼的废话比突变生物还多，米勒怕乌尔曼光顾着说话，还指派了两位队友照应他。乌尔曼突然一句：Shit！直接被米勒吼：安东还是小孩子，你别教坏他说脏话。乌尔曼很冤枉：真的踩到屎啦！老大～～
掩护乌尔曼的两位队友先后阵亡，有乌尔曼不停顿的笑话作伴，也不算是很痛苦的诀别吧。

事隔20年，D6里出现人，D6也激动了，拼着剩余的机能派了辆轨道列车来接安东4人。
电子启动设备废掉了，安东以长跑健将的天赋完成了米勒交予的在楼顶转圈跑压开关的任务，事后乌尔曼也夸安东：你真是具有运动健将的身手啊～～

别看人家弗拉基米尔是位大叔，还经常用暧昧的眼神和表情向着安东，其实是位天才电脑老头（米勒和弗拉基米尔以前在军队里服役，对军事设施极有好感），居然懂得操作D6里的终端。导弹们也很争气，竟然剩了几个完好无损的。然后……D6觉得自己的肚子里不是太舒服，就把电闸拉掉了。让米勒带着安东去反应堆看看能不能除个虫，除完虫才有奖励。
除虫完毕之后米勒带着安东从备用通道返回，在电梯上米勒说的话我原话附在下面：
看，安东……我们的遗产……我们的希望……这里充满了力量。用这些，我们就能再一次的统治地球！我们不再需要像老鼠一样生存……我们将赢回太阳和天空，用这剑与火……我们将爬出尘垢——重建城市……还有地铁里将再次穿梭着银色的列车……所有东西将会回来……所有东西……

读盘结束的安东心理独白：（重复上面米勒的话）米勒坚信这些，并可以随时为这些去牺牲。但是我满怀疑问：我们已经烧灼了一次地球，现在，这火焰再次掌握在我的手里，而我还不得不举着它继续下去。

最后一站——奥斯坦金诺电视塔，安东将在这里安放目标指示器，导引导弹打击。
本来要在塔底建立一个临时阵地，但是暗黑那啥仿佛知道自己也濒临危机，驱使了无数突变生物来了一次总攻。临时阵地被摧毁，米勒带着安东逃进塔里。

云层太厚，米勒在受伤之际叮嘱安东一定要爬到最高的地方才能有效导引导弹打击。
暗黑那啥也在最后挣扎，尽一切全力扰乱安东的思维，幸好我的操作够敏捷（其实不敏捷也没关系，死的次数多了也熟练了），让安东最终摆脱了暗黑那啥的精神攻击，把目标指示器一直维持到导弹击中目标。

附上最后的安东独白：
一个聪明人曾经说过：谁能以对同胞的爱来引领一场战争，谁就能击败自己的敌人。
我为了保护我的家庭和朋友，保护我的家——地铁——而引领着我自己的战争。
我们胜利了，但同时我又想：当我们在地球表面烧毁了Dark ones时，是不是也遗失了某些东西……