第十三章
总计有12个任务，因此整个任务过程较长，需要多点时间品味。
1497年佛罗伦斯
故事剧情距离前一段已经快要10年了，Ezio也是个38岁的大叔了(为何从Forli到佛罗伦斯需要10年并未说明)。这个时期的佛罗伦斯已经落入一个天主教僧侣Girolamo Savonarola的手中，他严词批评当时的天主教会道德腐败，与当时的教皇亚历山大六世为敌，同时也认为文艺复兴带来的世俗享乐是不道德的，于是他把佛罗伦斯许多绘画、书籍、娱乐用品等统统拿去烧掉，还利用“苹果”控制人民。
Ezio回到自己的家乡，却因为Savonarola寸步难行。第13章记忆就是要打倒Savonarola，取回在他手中的“苹果”，才能接上之前大家玩到去罗马的剧情。 12个任务中有9个是要除掉Savonarola在各行各业安排的意见领袖，也就是9个刺杀任务的意思。
在这段记忆中还新增了一个“冲刺跳”(Sprint)的功能，看到某些建筑屋顶上会伸出一截木条，上头挂了一件像衣服的东西，那不是晒衣架，而是玩家朝着它快跑，再踏着它一跳，就可以跳到比一般还要远的地方。
