在某天的一个下午,一辆保时捷停在了阿笠博士家的门口。一个黑衣人走了出来。刚出门的小哀惊住了,手上的包掉在了地上。“雪莉!”GIN缓缓抬起了头。“你!”小哀见了琴酒,吓出了一身冷汗。GIN举起了手木仓:“让我们说再见吧!背叛者!”小哀的脑海里掠过新一的影子:“灰原,不要逃避······”新一的话始终在耳边回响。她绝望地闭上了双眼。“砰!”琴酒的木仓跌落在地上,小哀睁开眼,一个足球滚落在她脚边。“工藤!”小哀惊呼。柯南与平次从花丛后走了出来。平次抢身上前,捡起了GIN的木仓。柯南走到了小哀身边:不要逃避,我说过的,我会保护你的!”“游戏结束了,琴酒!”平次拿着木仓,另一只手潇洒的插在裤袋里,“你们的组织已经完了!”“伏特加!”琴酒只有最后一线希望了。车里的另一个黑衣人走了出来。“伏特加!快!我们离开这儿!”说着,走向保时捷。只见“伏特加”轻轻一个转身,一套黑色的衣服眨眼间变成了白色的礼服!再一看,哪里是什么“伏特加”,分明就是怪盗基德!
刚把琴酒送到目暮警官那儿,平次就被和叶拉回大阪了。夕阳下只剩下柯南和小哀。小哀低下了头:“工藤,组织销毁了一切关于APTX4869的资料······”“其实这样也很好!”柯南打断了小哀的话。倒是让小哀吃了一惊,冷笑道:“你的那一位怎么办啊?”新一笑了笑:“也许她会痛苦一些时候,我会让爸妈告诉她新一已经死了。”说完,新一耸耸肩。“你不难过?”小哀还是不信。“我早已经想过了,时间会改变一切的,不是吗?”“工藤······”新一拍拍小哀的肩:我说过要永远保护你的!“
十年之后,柯南与小哀在众人的祝福中,幸福的走进了教堂······