1937年12月13日，日军进占南京城，在华中方面军司令官松井石根和第6师团师 团长谷寿夫等法西斯分子的指挥下，对手无寸铁的南京民众进行了长达6周惨绝人寰的大规模屠杀。 日军占领上海后，直逼南京。国民党军队在南京外围与日军多次进行激战，但未能阻挡日军的多路攻击。
1937年12月13日，南京在一片混乱中被日军占领。日军在华中方面军司令官松井石根指挥下，在南京地区烧杀淫掠无所不为。
12月15日，日军将中国军警人员2000余名，解赴汉中门外，用机木仓扫射，焚尸灭迹。同日夜，又有市民和士兵9000余人，被日军押往海军鱼雷营，除9人逃出外，其余全部被杀害。 16日傍晚，中国士兵和难民5000余人，被日军押往中山码头江边，先用机木仓射死，抛尸江中，只有数人幸免。 17日，日军将从各处搜捕来的军民和南京电厂工人3000余人，在煤岸港至上元门江边用机木仓射毙，一部分用木柴烧死。
18日，日军将从南京逃出被拘囚于幕府山下的难民和被俘军人5.7万余人，以铅丝捆绑，驱至下关草鞋峡，先用机木仓扫射，复用刺刀乱戳，最后浇以煤油，纵火焚烧，残余骸骨投入长江。令人发指者，是日军少尉向井和野田在紫金山下进行“杀人比赛”。他们分别杀了106和105名中国人后，“比赛又在进行”。 在日军进入南京后的一个月中，全城发生2万起强奸、轮奸事件，无论少女或老妇，都难以幸免。许多妇女在被强奸之后又遭木仓杀、毁尸，惨不忍睹。与此同时，日军遇屋即烧，从中华门到内桥，从太平路到新街口以及夫子庙一带繁华区域，大火连天，几天不息。全市约有三分之一的建筑物和财产化为灰烬。无数住宅、商店、机关、仓库被抢劫一空。“劫后的南京，满目荒凉”。 后来发表的《远东国际法庭判决书》中写道:“日本兵完全像一群被放纵的野蛮人似的来污辱这个城市”，他们“单独的或者二、三人为一小集团在全市游荡，实行杀人、强奸、抢劫、放火”，终至在大街小巷都横陈被害者的尸体。“江边流水尽为之赤，城内外所有河渠、沟壑无不填满尸体”。
据1946年2月中国南京军事法庭查证：日军集体大屠杀28案，19万人，零散屠杀858案，15万人。日军在南京进行了长达6个星期的大屠杀，中国军民被木仓杀和活埋者达30多万人。
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