鲸和其它陆地动物的共同祖先是平头蝾螈形四足动物。大约在3.6亿年前，它们离开大海，爬上陆地。它们的后裔逐渐提升了肺功能，鱼鳍也进化为腿，其中一支进化为哺乳动物,哺乳动物是其中的佼佼者。然而，鲸的进化却相反，它是极少数反向进化的哺乳动物之一。鲸的反向进化一直困扰着科学家。
在大约4800万年前，在今天巴基斯坦的西海岸，一只类似小鹿的小型偶蹄食草动物为躲避掠食者，潜入浅水中。它在水下发现了更适合生存的地方。从此，它成为鲸的祖先，后来它死在了古印度大陆上。科学家把它的化石复原，发现这种偶蹄动物外形与今天的狐狸相仿，命名为“巴基古鲸”。
为了享受，它从此不再登陆
自从这个类似小鹿的动物从陆地返回到海洋后，腿慢慢地进化为鳍状肢，鼻子进化成喷水孔。它们喜欢上海底世界：这里食物更充分，天敌更少。它们牙齿里所含碳量要比以水下食物为生的始新世鲸的含量高得多。这说明在下水后很长一段时间内，它们还在习惯吃陆地植物。当然，这种进化是一个缓慢的过程，在时间的长河里，它们开始适应、转变、进化。但它也绝不会想到，它们会进化成个头庞大的海中霸主，在没有了天敌，尽情享受海洋带来的快乐时，很快，天敌也出现了，那就是——人类。
鲸喷的不是水
鲸能从压力大的深水处迅速上升到无压力的水面，与鲸胸腔富有伸缩性的结构功能有关。当鲸向水面上浮时，胸腔可随着水压递减而相应地增大。此外，它们肺部的位置、肺部的气管较短而粗，肺泡间的膈膜具有丰富的弹性纤维，这些特征均能促进下潜或上浮时肺部的气体调节。并且鲸的鼻孔垂直地通向咽喉部，由于鼻道与口腔不通，因此鲸在水中吞食不致窒息。鲸的肺较长而不分叶，并向体后延伸，因此，鲸的肺活量很大，大约能容纳800～1400升空气。它在呼气时，在强大的肌肉作用下，能把肺部的空气急速挤压出来。而且，呼吸道在胸腔内部的强大压力下，使呼出的气体形成一股喷射气流。又因为鲸是恒温动物，体温较高，肺内的温度往往比环境温度高，呼出的气流遇冷即形成喷泉。
鲸进化的主要阶段
巴基古鲸 被称之为“第一代鲸”，这是因为它们以陆地为基础，但耳内部分结构却和现代鲸类动物、鲸类动物化石的耳朵结构相似。
陆行鯨 由巴基斯坦古鲸进化而来，居住在沼泽地区，它们既可以在陆地行走，也可以在水里游泳，但速度都不会很快，可能与鳄鱼相似。
原鲸 几乎已经是水栖哺乳动物了，但是它们还是要依赖强壮有力的后腿到陆地上来，就像海狮一样，它们有时可能需要上岸，但是不会深入陆地太远。
龙王鲸 大约 3500万～4000万年前，原鲸进化成了龙王鲸和矛齿鲸。这两种鲸类动物都已完全变为水生动物，后肢也进化成小尾鳍。
