游戏基本上用鼠标可以完成操作，象以往的即时战略游戏一样，鼠标右键一划可以圈定单位，右边的菜 单包括了大部分的命令选项。在游戏中按下F1键可弹出一个任务简报，上面列了任务的目标和地图标 识，并提示下一步该执行什么动作。 如果你想攻击一个非生命物体，可以按下SHIFT键再用鼠标点击目 标攻击。当Sarge的物品栏装满了东西，又想拾取地上其它的物品，可以选择扔掉身上的装备，方法是在 装备栏中点取要扔掉的东西，再点击右下的DROP钮，这样就会腾出一栏的空间，当然，主角的来复木仓以 及其它升级的机木仓或加农炮等武器是不能够扔掉的。在游戏中如果玩家觉得视窗太小，可以点击一下菜 单的右侧，操作菜单会自动移开，这一点是很方便玩家看到更大的视图。除了用鼠标外，有的动作还是 要用键盘来完成的，比如按ALT一般行走，按C键跪地射击，按Q键往左边滚动，按E键往右边滚动等等。
游戏中的士兵和武器都是可以升级的，角色均有类似RPG类型的生命值和经验值的设计，在面板是以星来 表示，队员和武器在积累一定的经验值后，每升一级会得到一颗星，他们的生命力和防御力会更强，手 中武器的火力也会更加地威猛。
玩具军人3秘籍
游戏中按下“backspace”键，输入："!throw me a frickin bone here"后就可使用以下秘技了：
!captain scarlet上帝模式
!full monty上帝模式加物品N
!stay frosty给Sarge一个ForceField
!henry得到30个杀虫剂
!harsh language得到20个苍蝇拍
!here's a lockpick...无限的火焰喷射器
!mib给Sarge一个激光木仓
!this one goes to eleven得到三个Napalm Strikes
!scotty得到3件外星人用的Renforcements
!hey stifler无限的胶水
!one time...得到3个Baseballs
!spiny norman得到3个HammerMines
!let me down让Sarges的血几乎为0
!pump me up给Sarge一个Steriods Boost
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