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故事开始，一名小女孩和小时的浦岛景太郎（故事男主角，以下称“景太郎”）结下约定：
“你知道吗？听说相爱的两个人如果能一起进东大，他们就能获得“幸福”哦……所以，在我们两个长大以后，就两个人一起进入东大去读书吧。”
接着小女孩便和景太郎分开，音讯全无。自此之后，景太郎从未获得女孩青睐。这种情况，直到他19岁的时候，才开始有所转变。
此时的景太郎为了要遵守小时候的约定，已经报考东京大学（即东大）两次，却因为全国知名的东京大学要求甚高，考试分数远远不及以致失败而回。但是景太郎还是决心要履行约定，第三次报考东大。家人反对他的行为，因此令景太郎离家出走，来到祖母开设的旅馆雏田庄。然而景太郎并不知道旅馆已变成“男人止步的女生宿舍”，更对露天温泉是女性专用一事毫不知情，在沐浴期间与一丝不挂的成濑川奈留（故事女主角，以下称“奈留”）相遇。在奈留大呼求救之际，景太郎被迫逃跑；却引来一众女性住客的追逐并把自己迫至走投无路。虽然如此，景太郎还是一心打算留在雏田庄，在经历更多的波折之后，终于以管理员的身份安定下来。
在住进充满女生气息的雏田庄之后，景太郎的人生开始了转变。同一时间，约定之人的真相也慢慢揭开。故事就是围绕着景太郎能否进入东大、完成约定的主题而展开。
（一）故事主线
《纯情房东俏房客》的故事依以下两条主线发展：报考东京大学和履行约定获得幸福。
浦岛景太郎为了要履行约定而多次报考东京大学，故事便是依着他的经历一路发展下去。在第三次报考和第四次考试误以为失败的时候，景太郎均有放弃报考东京大学之念头，然而最后他还是决定要继续追寻东大。虽然在景太郎以为第四次报考也是失败的时候，萌生了对考古的兴趣，有意以发掘古物来代替报考东京大学，但是后来景太郎得知考试成功，发掘古物的志向还是被“在东京大学读书”的想法暂时取代。故事最后，景太郎成为了考古学家，最终达成两个愿望。
另外，故事也围绕“景太郎能否完成约定、得到和约定之人一起的幸福”这个主线发展。在景太郎离家出走、重临小时入住并结下约定的雏田庄的同时，他也为履行约定而努力着。一来景太郎在学业上努力以求考入东大，二来景太郎也希望找回小时候约定的对象。然而成濑川奈留的出现、双方渐渐的相恋以及景太郎对约定之人的不确定都影响了景太郎的想法，希望在一起的对象由约定之人渐渐变为奈留。但是乙姬睦美的出现曾一度使景太郎以为她就是小时候的约定对象，让本来坚持“和奈留一起得到幸福”的景太郎在两个人之间摇摆不定。后来约定之人的谜团渐渐解开，真正的约定之人原来也是奈留，终于坚定了景太郎和奈留一起的决心，确定了故事的结局。
角色详解
故事其中一个背景就是雏田庄，因此初期的主要人物，都与雏田庄有一定关系。除了男主角浦岛景太郎和女主角成濑川奈留之外，雏田庄的房客还包括前原忍、青山素子、卡欧拉·苏以及绀野美津四名女性。在雏田庄附近居住的则有“日向”和风咖啡厅的经营者、景太郎的姑姑浦岛晴香。男女主角出现的次数最为频密，表现出来的性格也最明显：景太郎虽然经常遭遇不幸和失败，但是有着屡败屡战的性格；奈留虽然有暴力的一面，但是不乏温柔体贴。至于其他女性房客，在漫画亦有以个人为主题的篇章充分描述，也展示了各有的特色：例如是前原忍内向、青山素子倔强、卡欧拉·苏有活力、绀野美津开朗等等。相比之下，浦岛晴香虽然出现次数最少，但是其言语往往有推进剧情之重要性。
故事中期陆续增加了乙姬睦美、濑田记康和莎拉·麦杜尔等人物。除了增添情节来源，其中一些角色更是影响男女主角恋情发展的关键人物：乙姬睦美在小时候入住过雏田庄，因此成为结下约定的重要一员；濑田记康相比之下出场较少，不过他是奈留小时候的仰慕对象，也影响了景太郎和奈留的感情发展。莎拉·麦杜尔的影响虽然不大，但是她作弄别人的情节也是故事有趣的地方之一。
到了故事后期，浦岛可奈子的出现为故事增加变数。浦岛可奈子为完成小时候的约定而改建雏田庄，因此影响了雏田庄房客的生活；另外浦岛可奈子喜欢义兄景太郎，也成为景太郎和奈留恋情发展的障碍之一。
故事大部分的情节都是围绕着这些地点发生：雏田庄本来是一间旅馆，后改为女生宿舍。因为是众房客居住的地方，雏田庄是故事中最常见的背景之一。值得注意的是，成濑川奈留住304号室，浦岛景太郎则住在304号室下方的管理员室，因为304号室的地板有一个“破洞”，两人得以经由破洞对话或进入对方的房间，于是破洞可以说是两人感情发展的一个关键之处。另外女用露天温泉多指属雏田庄一部份的温泉。由于是男生禁入的地方，因此当景太郎闯入，被女性房客发现时，女性房客追打景太郎的场面，便成为表现引人发笑和性幻想的地方。男女主角在“女用露天温泉”初遇一事，就是其中一个有趣的笑话。
此外，一些词语或事物，也成为剧情的关键。15年前的约定就是主角不断努力考上东京大学的原因之一，因此可以说是故事的中心。利特多指成濑川奈留拥有的布娃娃，因为曾在小时候的约定出现，也成为约定其中一个关键之处。
本故事的男主角，1979年1月5日生，是一名多次报考东京大学的考生，因为离家出走而居住在小时住过的雏田庄，有“不死之身”。平常喜欢拍大头贴，却因为没有女朋友，在成濑川奈留出现前都是一个人在拍照。也喜欢作男女之间的幻想，并因此闹出不少笑话。被别人认为是“色狼”、“懦弱”的人，却有着一直遵守约定的坚持－从其三次重考，即是四次报考东大一事可以得知。
在漫画开头已经连续两次落榜，并且在“全国模拟试第一”的奈留的协助下，仍然避免不了第三次考试的失败。为此曾作过“伤心旅行”。在其间“巧合地”遇上奈留，于是和其一起旅行。其后和奈留渐生情愫。第四次考试因为发白日梦，以为要再次失败而离开雏田庄。后却意外地成功和奈留及乙姬睦美考入东大。虽然因为受伤未能与心仪之奈留一起进入“东京大学”，完成得到“幸福”的约定，却和她一同进入在地球另一处、同样名为“东大”的地方。最终确定奈留就是当初约定的人并和她结婚，受濑田记康影响，从事考古工作。
本故事的女主角，雏田庄304号房房客，小时也入住过雏田庄，1981年3月25日生。头上有被作者设定为“会招来不幸的男孩，并导致男孩爱上她”的“不幸天线”。近视很深，脱下眼镜后，甚至连在身旁的人也不能分清楚是谁。最初因为在露天温泉意外和景太郎有“亲密”接触，于是认定他是色狼而极度讨厌他。后来却被浦岛晴香说服，于是将景太郎带回旅馆。
在学业上帮助景太郎，使其成绩大跃进。虽然是“全国模拟试第一”，却意外落榜一次。巧合地在独自“伤心旅行”时遇上景太郎。经此之后与景太郎的感情不断加深，口头上却经常否认恋上对方。景太郎有不当行为后会实行“铁拳制裁”，将景太郎打到远方。虽然被景太郎称为“暴力女”，但亦有细心及体贴的一面，加上善于装扮，在脱下眼镜后被众人认为是美女。在考入东大后不久确认恋情，最终话与景太郎结婚并成为教师。
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