《刺客信条》系列在故事历史背景的设置上从来没有严格的黑白界限。《刺客信条3》也是如此：北美殖民地军队和英国军队都不会被描述为“好人”。开发人员说《刺客信条3》游戏只是设定在美国独立战争时期的框架内，英美之间的冲突不是描述的重点。
在接受英国Playstation Magazine采访时，游戏的主创编剧Matt Turner透漏了一些信息。游戏的主角Connor对英美两边保持中立模糊态度。
“置身事外是非常重要的一点。Connor既不会加入美洲大陆反抗军也不会加入英国军队。他卷入此项冲突由他自己的个人原因。故事聚焦于刺客和圣殿武士(Templars)之间的矛盾上。圣殿武士的手上沾满了罪恶与肮脏，所以主角Connor穿过独立战争的一幕并非全部，只要圣殿骑士出现在哪里，刺客Connor就会出现在哪里。”
接着这个访谈又谈到了游戏的其他设定，比如游戏设定在美洲大陆成为美国之前，游戏中的冲突严格意义上说并非两个国家之间的战争，而“英语种族的两大阵营在国外领土上的纠纷”更为恰当。我个人更为感兴趣的是奴隶制的问题。在美国南北战争期间奴隶制仍然盛行，所以听到他们计划把这个题材加入进去的时候，我非常的开心。
“我们觉得奴隶制值得一定的关注，因为它是个颇为严肃的问题，需要我们至高的尊敬。我们绝对不会因为在没有引入这个话题而竭力回避它。我们会尊重历史，在游戏中介绍这一问题，向人们展示当时奴隶制是怎样的，当时人们做了些什么。这个话题非常重要。我们不会惧怕展示这一点，但它不会是游戏的着重点。”
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