虽然《赛德克·巴莱》在岛内的票房收入没能达到赢利点，但是，魏德圣拍摄了前所未有的台湾大片。要谈论《赛德克·巴莱》，那开篇部分必然会是不同版本的考证。因为观看的版本不同，那也会直接影响对电影本身的评价。就以删减版的《美国往事》和《天堂电影院》为例，其故事甚至发生了实质改变，观众很容易偏离作者意图。
《赛德克·巴莱》的第一个版本是威尼斯电影节放映的国际版（电影节版），片长150分钟，映后反馈以恶评为主。尤其是内地记者和影评人，清一色的狂殴痛骂，此举也引发了台湾媒体的反击。后来魏德圣解释说，这个版本不是自己剪的，它是为了赶时间参赛，吴宇森公司那边剪出来的。
正因如此，这才有了后来的第二个国际版，也就是送去美国放映和参选奥斯卡的导演剪辑版，片长155分钟，简称国际通行版。毫无疑问，第二个国际版比第一个要强，也肯定比台湾的上、下两集连映要强（276分钟）。可能考虑到影片实在太长，无异于“膀胱大作战”，香港上映时，下集被删减到109分钟，大大缩减了长度，无奈依然评价反响不佳。到了引进内地时，那肯定是在第二个国际版的基础上删改。所以，你没看错，没发行DVD之前，光是参加影展和上映，《赛德克·巴莱》一共就有五个版本……
显然，魏德圣拿了吴宇森的钱，又拿了很多人的钱。他“不得不”沿用《赤壁》的上下集发行模式，另一边还舍不得删减素材，好以此向世人证明：你们看到了吧，我把钱都用上去了，没有任何私吞。简而言之，如果《赛德克·巴莱》仍旧沿用上下集的模式，我会觉得上集不错，有新意更有锐气，其格局比《海角七号》要大出太多，耗费导演不少心力。但是评价一旦落到下集，那当真是又臭又长，硬伤无数，只想快进。
我们常说，大片不只是大投资、大导演，更不是搬来一堆巨星，那就能拱出个好来。对《赛德克·巴莱》而言，大片并不一定就要276分钟的片长。恰恰相反，一百五十分钟已经是它的极限了。从投资级别来说，《赛德克·巴莱》耗资巨大，动工了台湾大批的技术人员，完成度也还可以，岛内震动。只是对着一堆素材不知道如何下手，这点上，魏德圣多少有点优柔寡断，没有快刀斩乱麻的利索劲。
影片的最大优点是独树一帜，它以原住民的历史题材入手，这在内地是不可想象的，在香港是没有历史条件和天然环境。在选题和执行上，魏德圣完成得很出色。他对雾社事件的关注，对身份认同的反思，这些都促成了《赛德克·巴莱》的拍摄。影片的拍摄成功，又给华语导演的励志故事添上一笔。对很多台湾人来说，《赛德克·巴莱》的意义就是把历史课本上的一行字，变成了一部有血有肉还有“人头”的历史大片，算得上精彩好看。对华语观众来说，他们终于看到了气质不大一样的大片，技术出色、演员朴实，内容激荡，更能引起一定的反思。
然而，《赛德克·巴莱》也有它的莫大缺陷，那就是主要人物太过平板，缺乏内心戏。尤其是赛德克族一方，从强势、隐忍到反抗，其中是有明显的挣扎过程，不过这些都太表面化了，流于形式。到了后面的战斗场面，那就是千篇一律，毫无悬念可言。不过解释起原因可能也很简单，这些非职业演员能改造身体，更能顽强坚持，但是他们难以驾驭住情感，控制自如。
试想，如果没有一郎、二郎这般角色的存在，从剧本上去描画，《赛德克·巴莱》将失去真正的灵魂，同时缺乏讨论的意义。在他们身上，电影呈现了身份认同的痛苦，他们不知道自己身属何方，自知万劫不复，惟有以死谢罪。再不然到日本一方，无论是小岛源治还是派遣军司令，他们除了在血樱花下感慨一番，似乎功能无多。
但即便有明显的瑕疵不是，《赛德克·巴莱》依然展示了惊人的信息容量。在还原历史和文化习俗的决心、对信仰和神话传说的表现、适当提拔和升华的英雄主义、穿越林间的运动长镜头、近乎外语片的观赏语境……这些东西不仅在过去一年极为罕见，即便放到过去十年的华语电影里，《赛德克·巴莱》依然值得肯定。
有趣的地方还在于，《赛德克·巴莱》完全没有对野蛮和文明的话题指手画脚，它赞美原住民的勇气和信仰，又表现了他们残杀日军妇孺的血腥场面；它站在日本人的角度上抛出了武士精神的同源之说，对原住民的行为产生了敬佩之心。它重现了上世纪30年代的雾社事件，展示猎场和家园之争，让斑驳的岩石壁画从模糊到清晰——一场关于野蛮与文明的交战。无论选择抗争还是选择自刎，赛德克族都抱有野蛮人的骄傲，这恐怕也是最能打动魏德圣的地方。
