由于此前在广州举行的马拉松比赛中出现选手猝死，因此北马组委会特别加强了医疗保障措施。
组委会在赛道旁每隔5公里就设立一个医疗点。跑步路线上每隔100米就有一名志愿者，专门协助医疗救护、维护秩序，另外还有急救车一路跟随参赛者。每个医疗站均配备简易呼吸器、心电图机、除颤器等设备，另有抢救药品、糖水、盐水、外伤用药、棉被、纸杯等物品。赛道沿途，组委会还联系了多家医院提供医疗救助。
由于天气寒冷，不少参赛者出现了肌肉拉伤，附近医疗站和急救车对身体不适者进行了及时救治。据了解，北京市急救中心共处置伤病员1037人，共有965人肌肉拉伤，24人肌肉痉挛，12人擦伤，5人低血糖，一人晕厥(经处置后继续比赛)，24人体力不支(包括一名现场观众)，5人腹痛，1人外伤。值得一提的是，接受治疗的人中有两名运动员，一人头皮裂伤，一人下肢疼痛。
