德国牧羊犬的正常掉毛循环大部分发生在春秋两季。然而，有些居家德国牧羊犬可能一整年都在掉毛。有可能是因为我们在家里晚上都还开灯，打乱了正常的日照循环。有些德国牧羊犬每天都能梳起一堆的掉毛但这也不一定是皮肤有问题的关系。
指甲问题有许多原因，包括感染、创伤、癌症和免疫方面疾病。因为指甲和指甲床为经常使用和负重的部位，所以指甲问题可能会让德国牧羊犬非常疼痛。肮脏地面和趾间的磨擦运动都是影响愈合的因素。
皮屑指的是皮肤毛发上的薄屑太多。某些品种的皮肤天生就容易产生皮屑。造成皮屑太多的情况还包括：太常洗澡、皮肤太干、使用干性洗毛精洗澡、寄生虫感染、荷尔蒙异常（如低甲状腺功能症）或感染。
脱毛的情形在身体各部位都可能发生。造成的原因如皮肤寄生虫、感染或贺尔蒙异常。过度梳理有时候也会出现这样的问题。脱毛和掉毛不同，毛大部份是整块皮肤秃毛。兽医师会从脱毛的方式、部位、严重性及脱毛速度，寻找出可能的病因。
