在繁殖藏獒时，为了保持或恢复其原始特性，应对种公獒和种母獒分别进行选择，最好选择性状表现好、具有原始特征、亲缘关系较远的种公獒和种母獒进行交配。藏獒的选配方法主要有三种：(1)以保持和巩固原始特性为目的选配这种选配是保持血统的选配。采用的方法是近交育种的方法。即先选择1只或几只近亲的、有很好育种价值的优秀公獒作为品系育种的主要原始个体，把它同几只在家系群中选出的最好的母獒交配。交配后得到的后代，选择其中最优良的进行近交繁殖。为了防止近交程度增加过快而发生近交衰退，近交后横交选育时可采用半同胞兄妹选配。经过3～4代的交配，可以得到与祖先同样优良的，甚至超过祖先的一定数量的藏獒群。如将可能存在红棕色或纯白色隐性基因的个体各自进行选配，再横交分离，可能会培育出红棕色或纯白色的个体，再将红棕色或纯白色的个体进行纯种繁育，就能培育出较多的红棕色、纯白色的个体。(2)等级选配按照藏獒地方标准对种公獒和种母獒都进行等级评定，确定等级后再按照实际情况对种獒进行选配。总的原则是公獒的等级要平于种母獒或高于种母獒，绝不能倒置。以培育优秀种獒为目的选配，每世代主配公獒都应达到特优级。(3)异质选配异质选配是种公獒或种母獒整体都很优秀，只是在某一方面性状表现不理想，而另一方面性状表现又很好，将公、母獒双方选配在一起。双方不理想的性状可以由另一方弥补，它们的后代可能更完美，这种选配方法称为异质选配。异质选配可以使基因重组后，后代表现型非常完美。例如某一种公獒在体型、头型、嘴型、毛色、骨量都表现得出类拔萃，只是耳形不理想；而某一种母獒其他方面都很优秀，耳形特别好，只是骨量欠佳，将它们选配在一起，它们的缺陷都得到弥补，后代个体可能耳形也好，骨量也大，更出类拔萃
