游戏中，队伍最多包括5只召唤兽，每位召唤师最多可拥有5组队伍，玩家可以按照自己的要求自由编辑队伍。之前也说到，可供玩家进行组合的技能有很多种，因此在编辑队伍时玩家有多种选择方向。
第一种是以单一属性为基础。《神魔之塔》中符石及召唤兽均分为五大属性：水、火、木、光、暗，而且遵循水克火、火克木、木克水、光暗相克的原则。
玩家以纯属性队伍出战的话一旦消除该属性的符石就能让全体召唤兽都发动攻击，这种队伍组合方式对副本中单一属性、且是被相克属性的怪物十分有效。第二种是纯技能组合。
这里又分为纯攻击组合、纯状态组合、攻防结合组合等类型，根据不同的需求，选择不同的主动技以及队长技，不过这种组合太过于依赖技能的释放，一旦技能处于无法使用的状态，战斗将会变得十分被动。比如说，选用的召唤兽主动技都是变换符石和消除符石类，变换成想要的符石并且引爆进行攻击，接下来的战斗将如何进行呢？
第三种就是属性与技能交叉组合。比如说将全部召唤兽种类均是人类，队长技增强人类攻击力，但是这些人类又拥有不同的属性；也可以是队长技增强某一属性攻击效果，队员主动技选择变换符石、引爆符石类型，不过这些召唤兽分别是不同的攻击属性或种类。
其实《神魔之塔》中队伍的组合有无数种，没有绝对的最优选择，只有根据实际需求或个人爱好而组成的专属队伍，如何搭配队伍完全随心所欲。
