系统繁殖是指公母双方四代或五代血系里，有一只以上的相同祖先，而且双亲及三代内，并无同一只重复出现，这样的方法 就是系统繁殖法，它是一种较轻近亲繁殖，俄罗斯的高加索犬繁育者很多都采用了这种繁殖方式，因为高加索犬系统繁殖降低近亲繁殖带来的危险，有可以得到近亲 繁殖的效果。采用系统繁殖时，事先应该了解公母犬上五代至七代的血统，这是绝对的参考价值。（注：所以国外良好的血系记录体制，为高加索犬的繁殖起到了很 好的作用，国内的高加索爱好者和繁育者应该做好饲养犬的血统记录。）假如准备配对的种犬祖先里，不断的出现相同的祖先，虽然在代数上不尽相同，也可以把它 们作为繁殖的倾向。
一般来说，利用系统繁殖法，繁育出的优秀高加索犬的比例也相当的大，因为在繁殖时我们依据血统的记录，大约可以判断出公母犬的遗传倾向，而加以利用，祖辈的优秀特征将有很大的机会在繁育出来的高加索犬身上重现。
母犬大约每年生育一次或者每八到十一个月。母犬多数在秋天在野外的巢所产下幼犬。牧人通常只保留公犬和一到两只母犬。杀死一窝中剩余的母犬。一般只有20%的幼犬能够存活至成年因为没有人喂养它们照顾它们。只有最健康的幼犬能够生存下来。在高加索地区，人们没有卖狗的习俗。所以狗经常被高加索人当作礼物送给好友。高加索人经常自己保留幼犬因为绝大多数高加索地区的狗不能活到很老。所以替代繁殖是必需的。有些牧人尝试繁育最好的公犬而且有些人心里明白公犬的谱系。
