德国牧羊犬是有长度适中的双层毛皮。小狗的毛皮将会变成成年狗的底层毛皮，外层的毛皮将会随着小狗的长大而长出。在春季，当他们换掉冬季底毛的时候，德国牧羊犬会有一次大的脱毛行为。没有切除卵巢的母狗也会脱毛，是在它们发情时和在它们给小狗断奶时。
德国牧羊犬应该得到很好的修饰，至少一周三次。这是非常重要的，有以下几个原因：首先这是很好机会亲近你的狗，并且能够检查他们有无狗虱、跳蚤的出没、肿块、耳部传染病、肉垫的损害等诸如此类需要关注的事情。你应该有以下检查或照料设备：
小狗的毛刷子，
常规的毛刷子，
带针和鬃毛的刷子、
梳长毛的梳子、
打结毛发的切割器或刀（请小心使用）、
高质量的指甲钳、止血粉或者哩、
高质量的狗洗澡液或洗毛液、护毛素等（不要用人类的产品）、
狗的牙刷和牙膏（也不要用人类产品）。
从小德牧开始，只能用柔软的刷子，并且轻轻的刷，直到它的毛长出来，否则你会伤到小德牧的皮肤，并且让他们很不舒服，这在以后也会导致很多问题。当你在修饰你的小德牧时，你要给他很多赞美或表扬，你要让他觉得这是一件很享受的事情。彻底的刷遍小德牧身上所有的部分，特别注意耳后的毛、前腿底下的毛和尾部的毛，这些地方都很容易打结。一星期剪一次小德牧的脚趾（长出来的粉红色的部分），它可以帮助你的德牧爪长得紧凑密实。如果你让趾甲一直长，德牧爪就会分开。在小德牧一岁以后，视其趾甲的长度，可能两星期剪一次。小德牧和大德牧都应该一月之内不要洗超过两次的澡，甚到当他们非常脏时，都不应超过此数。如果洗澡过多，他们的皮毛会非常干燥。
对成年德牧来说，先用刷小德牧的毛刷刷耳后的毛、前腿下的毛和里面的毛，那些都是很嫩的部位，所以小德牧的毛刷更软和温和一些。
接下来用常规毛刷从头部开始一遍一遍地刷遍整个德牧，这会帮助扫除断毛（这些断毛会导致打结）。最好用一个塑料袋收集这些断毛。确保你刷到了后腿（这些地方特别容易打结）和尾巴（有些德牧的尾部特别膨松毛燥），接着用梳子温柔地再梳一遍。
如果你发现一个不顺滑地方，用一只手抓住这个部位的毛发，另一个拿着梳子把它顺开。最好一次少抓一点毛发，分几次梳理。如果有大面积的打结情况，可使用打结毛发的切割器或刀，用尖的那面对准打结部分，将之切除。做这些事时请特别小心，因为你很容易伤到你的德牧和你自己。
如果碰到打结非常历害，最好带他去看专业护理人事。最后用带针和鬃毛的刷子梳理德国牧羊犬。用带鬃毛的一面梳理德牧的脸部及身体，然后用带会的一面梳理尾巴和屁股上的毛。接下来你应该给德牧剪指甲，刷牙和检查耳朵看有没有任何发炎的症状或难闻的气味，这些都是应去就诊兽医的先兆。
记得在给德牧洗澡前彻底的给德牧梳理。一旦它的结变湿了就会越变越紧到后来简直不可能弄开了那就只有剪掉它了。毛打结对德牧来说是非常痛的特别是变得很紧的时候。用浴盆或淋浴给德牧洗澡（我个人比较喜欢用淋浴。德牧不喜欢站来脏水里而且德牧都喜欢来个水按摩）。
